畜牧獸醫系創建于1948年，是黑龍江生物科技職業學院傳統優勢專業之一。近年來，本專業緊跟農村產業結構調整的步伐，面向學生就業去向，設置了畜牧獸醫、執業獸醫師、獸醫醫藥、寵物養護與疫病防治四個專業。
畜牧獸醫系師資力量雄厚，現有專任教師27人。其中，教授6名，副教授4名，講師16名，獸醫師1人；有省級教學名師1人，國家農職教育教學名師1人，省級模范教師1人，專業學科帶頭人3人；青年教師中，碩士學歷達100%，其中博士1人；“獸醫專業”是黑龍江省唯一省級優秀教學團隊；教師中獲農業部執業獸醫師資格證書者6人，寵物美容師資格證3人。“院級十佳教師”3人，“院級青年教學能手”4人。
經過發展建設，建有《寵物病理》、《養牛生產技術》2門省級精品課。在省級以上刊物發表論文131篇，出版專著52部；主持省、廳級立項課題26項；獲省級以上科研成果獎2項；獲中華人民共和國知識產權局實用新型發明專利2項。
畜牧獸醫醫系教學條件優越，已與14家企業簽訂了校企合作訂單式人才培養協議，根據企業生產過程設計教學模式和教學內容，在哈爾濱鴻福養殖有限責任公司、谷實農牧科技集團、黑龍江正大家禽事業線、黑龍江飛鶴原生態牧業有限公司等四家企業建立了“廠中校”，實現了學生培養與企業需求的無縫對接?，F有4個校內基地（養雞場1個，寵物養殖場1個，動物醫院1個，寵物美容院1個）。擁有8個現代化專業實訓室； 32個校外實訓基地，100余個就業基地，7個產學研聯合辦學基地；11個校企合作訂單培養教學基地。先進齊全的實驗實訓設施，使學生實訓開出率達100%，職業技能獲證率達100%。
在近3年省內外專業技能大賽中做到組織到位、訓練有方、保障得力，取得了優異的成績。2008年在全省高職高專教育畜牧獸醫類專業技能大賽，獲得三項冠軍；2009年全國農業職業院校（39所）專業技能大賽中獲一等獎；2010年在省級專業大賽中獲一等獎；2010年全國專業技能大賽中獲二等獎；2011年省級專業技能大賽中一等獎。
學生就業形式好，畢業生人數與就業崗位比例達1：3，呈現就業市場供不應求狀態，2011年畢業生獲得畢業證書前半年就業率已達95.12%。近三年中學生創業（當老板）人數占8%；畜牧獸醫系學生在就業方面受到省電視臺3次報導，生活報5次報導。
