“新疆特種植物藥資源重點實驗室”是教育部與新疆生產建設兵團共建的重點開放實驗室。2005年8月，在整合了“兵團植物藥資源與中藥現代化重點實驗室”和“石河子大學植物學重點實驗室”等相關實驗室和研究人員的基礎上，被教育部批準為省部共建重點實驗室。
實驗室目前共有研究人員30名，其中教授6名，副教授8名，講師12名，獲得博士學位5名，特聘客座教授3名。實驗室以新疆特種植物藥資源為主要研究對象，在開展藥用植物資源多樣性與保護生物學研究、新疆藥用植物資源保育機理與對策研究的基礎上，進行藥用植物的人工馴化及栽培試驗，開展對新疆特種藥用植物有效成分的分離、純化、結構改造和藥效評價等深層次的研究。
同時，充分利用石河子大學的綜合優勢，發揮新疆特種植物藥的綜合利用價值，開展植物藥資源在醫藥、獸藥及生物農藥等方面的應用研究，以實現新疆藥用植物資源的可持續利用與發展。
目前本實驗室根據三個研究方向設置3個研究室，下設相應的實驗室，由學術帶頭人和科研骨干等人員組成各研究室的學術梯隊：
1．藥用植物資源生物多樣性研究室（包括藥用植物標本室與種質庫、藥用植物資源圃、生藥室、藥用植物保育與栽培室）；
2、植物藥化學與藥效研究室（包括天然藥物化學室、藥物合成室、神經藥理室、細胞藥理室、腦微透析室）；
3、植物藥綜合開發研究室（藥物制劑室、新藥中試室、藥物分析室），目前實驗室總面積達2000m2，儀器設備總值900余萬元，擁有高效液相、氣相色譜儀、熱分析、高效制備液相色譜儀、腦微透析儀等一大批先進的儀器設備。
