水利水運工程實驗室以河海學院的水利水運實驗中心與校屬二級研究機構（西南水運工程科學研究所）組建而成，是我國主要的水利水運工程科學研究和人才培養基地之一。河海學院水利水運實驗中心占地2.2萬平米，是交通部“七五”期間重點投資的專業實驗室。
西南水運工程科學研究所是交通部在西南地區設立的唯一大型水運科研所，1986年并入重慶交通大學。2000年水利水運工程實驗室被認定為重慶市重點實驗室，2007年被評為省部共建教育部重點實驗室。
實驗室通過“七五”到“十五”期間的投入，已經成為我國高校中規模最大的水利水運科技創新基地和人才培養基地，占地約120畝，建筑面積共18310平方米，擁有PIV粒子成像測速儀、激光顆粒粒度分析儀、ADV流速儀,小尺度船模試驗測試系統、GDS動三軸試驗系統、連續面波測試系統、地質雷達測試系統、巖土工程監測系統等各類先進儀器設備936臺套，設備總值2400萬元，自行開發的HD-4電腦流速儀獲國家發明獎。
目前實驗室下設航道工程、渠化工程、港工結構、樞紐通航、儀器設備、工程仿真、水工建筑物診斷技術、巖土工程等8個研究室。擁有港口工程實驗廳、航道整治實驗廳等七個大廳，并擁有占地面積約4萬平米的大型露天實驗場及大型的清渾水供回水系統。
實驗室現有港口海岸及近海工程博士點、水利工程一級學科以及巖土工程、自然地理學等7個碩士點，具有水利工程領域工程碩士專業學位授予權，港口、海岸及近海工程為重慶市重點學科。實驗室擁有一支職稱、年齡、學歷結構合理的水利水運專業隊伍，實驗室現有教授18人，副教授21人，有全國知名專家、新世紀“百千萬人才工程”國家級人選、重慶市學術技術帶頭人。
重點實驗室結合重大工程項目和地方經濟建設開展研究，先后承擔了國家自然科學基金、國家春暉計劃、國家“八五”、“九五”、“十五”科技攻關項目、西部交通建設重大項目、教育部重點項目及一大批省市重點科研項目和橫向協作項目。
在山區航道整治技術、內河港口設計理論、水利樞紐通航理論及應用、庫區及內河港口綜合治理、水工建筑健康診斷技術等方面形成了鮮明的特色和明顯的優勢。
近五年，共承擔科研項目研究482項，其中省部級及以上項目52項、國家及省部級重大工程科研項目105項，科研經費達到1.25億元；獲國家科技進步二等獎1項，省部級科研獎29項，發表論文435篇，其中SCI、EI、ISTP收錄72篇, 出版學術專著和教材21部。
