中藥有效成分重點實驗室于2006年由教育部批準立項建設，中藥重點實驗室預期在二年內對十種以上長白山地道藥材進行化學成分和有效成分以及構效關系的研究，發表研究論文20篇以上；提高和建立已有藥品、藥材標準十種以上；研發新藥兩種以上。上述的研究工作要達到國內先進或領先水平，部分基礎研究工作要達到世界先進水平。
研究方向：
1、長白山藥用資源有效成分物質基礎研究
2、動植物藥生物大、小分子構效關系研究
3、中藥材、中藥飲片、提取物、中成藥質量標準研究
4、中藥有效成分的生物制品工程化與新藥開發研究
人員組成：
實驗室學科隊伍現有人員53人。其中博士生導師5名、碩士生導師18名；教授15人、副教授10人、講師8人、助教6人；實驗系列人員10人，管理人員4人。具有博士20名、碩士15名。45歲以下的中青年人員大于50％，其中具有碩士以上學位的人員大于70％，中級以上專業技術職務且年齡在40歲以下的人員大于15％。
研究內容：
應用現代技術對中藥有效成分進行分離純化、結構鑒定。結合藥效學研究，進行中藥成分活性與結構的構效關系研究；對中藥大分子成分活性與結構的關系進行深入的研究，開發藥用機理、療效確切的多糖和多肽藥物；提高現有藥品的標準，提高藥品的可控性和有效性，采用化學指紋圖譜方法研究中藥材、中藥飲片、提取物和中成藥的質量標準；通過研究臨床療效確切的中藥大品種和本校附屬醫院院內制劑的有效成份或有效組群結構和療效關系，進而達到提升藥品標準、開發新藥的目的。
承擔項目：
1、苦碟子治療腦血管性癡呆活性物質的篩選及藥代特性和安全性早期評價，國家新藥創制重大專項
2、抗腫瘤候選新藥---小飛蓬活性抗癌膠囊的研究 國家重大新藥創制專項
3、治療冠心病心絞痛中藥新藥三苦滴丸的臨床前研究，國家新藥創制重大專項
4、治療痛風病中藥五類新藥玉米須總黃酮開發研究，國家新藥創制重大專項
5、國家科技重大專項課題“敖東中藥中試放大研究技術平臺”， 國家新藥創制重大專項
6、長白山特種藥材技術標準及關鍵技術研究與開發----小飛蓬等長白山常用中藥材活性組分及應用研究，國家科技支撐項目
7、長白山特種藥材技術標準及關鍵技術研究與開發，國家科技支撐計劃
8、林下參資源普查，國家科技部十一五支撐項目
9、人參、梅花鹿產業化開發關鍵技術研究，國家科技部。
10、四種北藥不同采收期質量變化的研究，國家中醫藥管理局。
11、苦碟子注射液指紋圖譜的研究，國家科技部、藥典委員會。
12、三黃前必治軟膠囊的研制，國家科技部十一五支撐項目
13、遼藁本資源調查，國家環?？偩终n題
14、中藥引經作用的途徑及其體內外作用的物質基礎研究，國家中醫藥管理局課題
15、納米參紅富力軟膠囊的研究與開發，吉林省科技廳
16、蜂膠總黃酮研究，吉林省科技廳重大項目
17、哈蟆油中止咳活性成分1-甲基海因的應用開發研究，吉林省科學技術廳重點項目
18、長白山道地動物藥材質量標準研究，吉林省中醫藥管理局
19、長白山真菌藥材治療慢性萎縮性胃炎有效成分的研究，吉林省科技廳
20、5-羧基瑞香素新藥開發—制備工藝、質量標準、藥效學，作用機理的研究，吉林省科技廳
21、吉林民間藥珍珠透骨草黃酮類成分抗炎作用，吉林省教育廳
22、類脂質體制備技術在銀杏葉提取物中的應用，吉林省科學技術廳
23、銀杏葉提取物非離子表面活性劑泡囊的制備工藝研究，吉林省教育廳
24、馬錢子總生物堿治療EAN家兔th亞群作用機制的研究，吉林省教育廳
獲獎情況：
1、高其品，七種藥材和飲片標準化規范化的研究，省科技進步三等獎， 2007，第一名
2、張輝，一種質量乳腺增生的中藥新藥，吉林省中醫藥管理局科技進步二等獎，2007，第一名
3、張輝，一種質量乳腺增生的中藥新藥，中華中醫藥學會科技進步三等獎，2008年
4、 高其品，返魂草等十四味道地藥材的地方質量標準的研究，長春市科技進步一等獎，第二名，2009年
5、邱智東，小葉石韋治療腎病活性組分篩選的研究，吉林省科技廳成果，2008年
6、趙雨，吉林省道地藥材人參、刺五加、淫羊藿及黃芪優質提取物生產及質量標準研究，吉林省科學技術成果
7、趙雨，長白山道地藥材有效部位提取、分離工程化研究，吉林省科學技術成果，2009年
儀器設備：
根據現有的裝備情況，在建設期間新增設備總值800萬元，包括購置UPLC 、HPLC 、GC 、紅外光譜儀、自動生化分析儀、二維電泳儀、毛細管電泳儀、自動熔點測定儀、低溫層析系統等。本實驗室的裝備水平可達到國內先進水平。
