動物科學系是溫州科技職業學院的主干教學系部之一。擁有畜牧獸醫類四大專業實驗中心和寵物醫院，畜牧獸醫、動物醫學臨床應用診療儀器設備和分析化驗設備先進精良，在滿足教育教學、實訓和科研的同時，面向社會生產、技術和科研服務。
在有關部門的支持下，動物疾病控制中心為溫州市規模豬場提供階段性和經常性的免疫監控和監測，保證了溫州養豬業的健康發展，開創了浙江省畜牧獸醫技術服務的先河。動物科學系擁有動物品種多樣的綜合畜牧場，種雞場和與之配套的孵化廠、飼料加工車間、現代化動物醫院及獸藥生產與檢測實驗室等校內實訓基地，完全滿足專業學生在校內的專業實習實訓。擁有溫州基地生豬產銷合作社、樂清綠雁家禽合作社、藤橋民鑫畜禽專業合作社、溫州康利飼料獸藥有限公司、溫州動物園、溫州白云山農業觀光園等門類齊全而穩定充足的動物醫學、養殖企業、生物制品企業等實訓基地，完全滿足師生實踐教學、科學研究和對農民進行專業技術培訓需要，同時，為學生提供了有利的就業機會。
動物科學系以培養綜合素質高、實踐能力強，“下得去、留得住、用得上”的學生為目標，在省市畜牧獸醫局的指導下，積極適應浙江地區經濟發展的需要，面向生產、服務、管理第一線，致力培養中高級技術型應用型畜牧獸醫類專門人才。
