北京大學創建于1898年，初名京師大學堂，是第一所國立綜合性大學，也是當時中國的最高教育行政機關，1912年改為現名。
1917年，蔡元培擔任北京大學校長，當時正值北洋軍閥政府推行封建專制主義統治的黑暗時期，當時的北京大學校政極其腐敗，官僚積習很深，不少人以上大學為升官發財之階梯，對學問研究沒有興趣，讀書就是為了混資歷謀取官位。教員中也有不少是不學無術的，課堂講授敷衍塞責。學校里缺乏學術研究的空氣，封建復古的陳腐思想泛濫。為改變這種局面，蔡元培號召學生們要去研究高深學問，不要追求做官發財的仕途之路；強調自己的治校方針是：“依世界各大學通例，循思想自由原則，取兼容并包主義”。他要以西方國家為榜樣，采用思想自由原則和兼容并包的主義，其主要用意，就是要讓新文化、新思想能夠進入北京大學。因此蔡元培就職后第一次對學生訓話時就說：“大學生當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財之階梯。”后來，蔡先生又提出了“十六字箴言”：囊括大典，網羅眾家，思想自由，兼容并包。兩年后，北大成為中國的精神“圣地”，而“思想自由，兼容并包”也成了北大的校訓。
1937年盧溝橋事變后，北京大學與清華大學、南開大學南遷長沙，共同組成長沙臨時大學。1938年初，臨時大學遷往昆明，改稱國立西南聯合大學。西南聯大匯聚三校菁華，以剛毅堅卓精神，維系中華教育命脈?？箲饎倮?，北京大學返回故園，于1946年10月正式復學。
中華人民共和國成立后，全國高校于1952年進行院系調整，北京大學成為一所以文理基礎教學和研究為主的綜合性大學，為國家培養了大批人才。
1998年5月4日，北京大學百年校慶之際，國家主席江澤民題詞：“發揚北京大學愛國進步民主科學的優良傳統為振興中華做出更大貢獻”。從此，北京大學便以“愛國、進步、民主、科學”這八個大字作為校訓，把“勤奮、嚴謹、求實、創新”作為北京大學精神。
