汽車運用工程系是武漢軟件工程職業學院開設最早的系部之一。
本系與武漢理工大學汽車工程學院有著專業共建關系；擁有一批汽車專業知名教授、“雙師型”教師及實習指導教師，他們具有豐富的教學經驗與實踐經驗。汽運系堅持以全面素質為基礎，把提高學生的職業能力放在突出的位置，重點培養學生的技術應用能力和崗位工作能力，努力造就現代汽車制造業、汽車后市場迫切需要的高素質技能型人才。
現有汽車檢測與維修技術、汽車電子技術、汽車制造與裝配技術、汽車制造與裝配技術、工程機械運用與維護、汽車技術服務與營銷等6個專業。其中汽車運用工程專業從創辦到現在已有40多年的歷史。
它經歷了技工學校（從企業辦校到國家級重點學校）、中等職業學校（省級重點中專）、市屬高等職業學院三個階段。汽車運用工程系是學院在校生人數增加很快的系部之一。
從2002年至今的2007為止，本系在校生人數接近1500人。從已畢業的730余人來看，專業對口率達90%以上。他們中的絕大多數現在全國各地汽車制造、汽車服務等崗位擔任著重要的工作，現在成為企業的技術骨干的中堅力量。
