藥學系是由其前身、始辦于1945年的藥劑專業發展而來，藥學專業是安慶醫藥高等?？茖W校開設最早的專業之一，開創全省藥學教育之先河。在六十五年的教學實踐中，學校始終重視技能型、實用型人才的培養，為社會輸送了大批優秀的藥學方面的技術人才。藥學系是安慶醫藥高等專科學校重點建設的特色系部。
藥學系目前開設有藥學、藥品經營與管理、藥物制劑技術、生物制藥技術、藥物分析技術和中藥等6個專業，就業去向主要為醫院、醫藥公司、藥品零售企業、制藥企業、藥品監督檢驗機構、科研院所等單位，目前安慶醫藥高等專科學校全日制在校學生近2000人。
藥學系下設藥劑、藥理、天然藥物、化學4個教研室及1個實驗實訓中心；師資力量雄厚，擁有一支教學經驗豐富的“雙師型”素質的教學團隊，目前現有專任教師36名，其中副教授10人，高級實驗師2名，國內訪問學者1名，安徽省優秀教師1名，校級優秀教師3名，具有碩士研究生學歷12人。專任教師中有2人取得執業藥師證，1人取得制劑工藝資格證，2人取得藥品檢驗資格證，2人有工程師資格證，4人取得執業醫師證。2位教師被聘為安慶市預防接種異常反應調查診斷專家組成員；1位教師被聘為安慶市科技局藥學類專家組成員。同時安慶醫藥高等?？茖W校還聘請了多名總工程師、總經理、藥劑科主任或主任藥師等作為兼職教師。為了系部建設的需要，安慶醫藥高等?？茖W校還將在現有師資的基礎上，繼續引進高素質的優秀人才，進一步提升教學和科研水平。
實驗實訓中心擁有28個專業實驗室，配備有多臺先進的高精密儀器設備，主要有高效液相色譜儀、紅外光譜儀、紫外分光光度計、氣相色譜儀、原子吸收光譜儀、全自動旋光儀、激光注射劑微粒分析儀、口服液灌裝機、旋轉式壓片機、全自動膠囊充填機、速控全自動制丸機、多功能凈化操作臺、電子分析天平等。能開展多種藥物劑型的制備，天然藥物有效成份提取與分離，化學藥物的合成、藥物有效成份的分析檢驗等實驗實訓教學活動。
教會學生做事，拓寬學生視野，提高學生就業能力，是安慶醫藥高等?？茖W校開展專業建設、課程改革、教材建設的目標。通過多年的努力和探索，培養的大批藥學畢業生輸送到全省各地的藥學界，形成了特色鮮明的藥學技能人才培養基地。
近年來，藥學系不斷加大教學改革力度，大力提高教學質量，主動適應社會需求，切實強化實踐性教學環節，已與本省及全國（如北京、上海、廣東、江浙等地）眾多制藥企業、醫藥公司及醫院建立了長期的合作關系，為教學及學生實習、就業提供了廣闊的平臺。安慶醫藥高等?？茖W校2008屆、2009屆、2010屆的畢業生就業率為別在98%、99%以上。畢業生以綜合素質高、實踐能力強受到了用人單位的一致好評。
