創新藥物研究與設計省部共建教育部重點實驗室2005年4月由教育部批準組建，依托單位為沈陽藥科大學。擁有實驗室面積4000余平方米，擁有較先進的實驗設備，固定資產總值約2500萬元。
實驗室有固定研究人員50人，其中院士1人,教授24人，副教授14人；博士生導師21人，碩士生導師12人。目前設有藥學博士后流動站1個；藥學和中藥學2個一級學科博士授權點；合成藥物化學、天然藥物化學、生藥學等10個二級學科博士點，讀博士研究生96人，在讀碩士研究生522人，在站博士后3人。
重點實驗室設有“合成藥物研究室”、“天然藥物研究室”、“分析測試中心”、“計算機輔助藥物設計研究室、 “藥學文獻、情報研究室”5個研究室。設學術委員和綜合辦公室兩個辦公機構。另外與國內外研究機構、大學建立3個國際合作研究室和2個國內合作研究室。
實驗室自組建以來參照國際先進的藥物開發實驗室的運行模式，圍繞著國家創新藥物研究的戰略要求和國際新藥研發的前沿，緊密結合地方經濟建設的需要確立了自己的主要研究方向為：①針對重大疾病的創新藥物研究；②天然活性物質的全合成及其結構改造研究；③組合化學和綠色化學在新藥研究中的應用研究； ④化合物庫的建立與發展和化學信息學研究；⑤ 非專利藥物合成工藝產業化研究。
目前實驗室形成了以姚新生院士領銜，程卯生等教授為核心，由眾多年富力強，綜合能力出眾的教授、副教授、講師組成的創新藥物研究群體，在創新藥物研究，人才培養等方面處于國內同學科的領先地位，部分研究工作達到了國際先進水平，在國內外有較大的學術影響力。
實驗室目前承擔國家“863”計劃項目和國家重大專項30項，國家自然科學基金項目15項；省部級研究項目106項；各級科研項目累計獲得經費資助5760萬元；橫向課題簽約108項，已實現科研成果轉化金額3000余萬元；
研究成果獲國家級獎勵2項，省部級獎勵18項，市級獎勵12項，獲國內外專利證書53個，新藥證書2個，新藥臨床批件21個。發表科研論文1240余篇，其中SCI文章420余篇；出版學術專著和教材60余本。已培養博士、碩士研究生800余人。
實驗室將秉承“團結、開放、求實，創新”的方針”的方針，圍繞國民經濟和社會發展的重大需求，以開展創新性研究，獲得具有自主知識產權的研究成果為己任，為建成“國內一流、國際有影響”的新藥研發的技術平臺和新藥研發的技術儲備庫，提高我國在本領域的國際競爭力，為國民經濟建設和社會發展做出重要貢獻而努力。
