農業應用新技術實驗室是2001年6月由北京市教育委員會和北京市科學技術委員會聯合認定的市級重點實驗室。實驗室主任由北京農學院院長王有年教授擔任，中國工程院院士方智遠教授任學術委員會主任。
該實驗室是綜合、開放、服務型實驗室?，F有專職實驗技術人員5人，研究人員30人。實驗室總使用面積800平方米。本室擁有先進的儀器設備，實行專管共用，對全校開放，效益顯著。
實驗室與生物技術系共建，資源共享，在改造提升傳統農業，發展“都市型農業”，為“三農”服務等諸多方面共同發揮著重要作用。實驗室主要任務是為教學、科研及區域經濟服務。實驗室堅持每周7天全部開放，每天開放14小時。
三年來共安排本科生畢業論文實驗、科研技能訓練和課程實驗1481人次。實驗室指導本科生采用先進的實驗技術和實驗方法，提高了學生畢業論文的水平和質量。實驗室還培養博士、碩士研究生39名。
獨立承擔了全校研究生和生物技術系本科生的《儀器分析》課程，并為《基礎生物化學》、《動物生物化學》、《植物生理學》、《分子生物學》、《細胞生物學》和《顯微攝影技術》等課程提供實驗室和儀器設備。
實驗室積極參與重點學科建設，所屬研究人員多數為市級重點學科及校級重點學科的教師，依托重點實驗室的實驗技術和儀器設備條件，三年來承擔國家863攻關項目、國家和市級自然科學基金項目、北京市教委、北京市科委和北京市農委等82項科研項目，并在核心期刊上發表論文51篇，獲北京市科技進步獎和北京市農業技術推廣獎10余項。
2002－2004年農業應用新技術實驗室累計投入資金90萬元設立17項重點實驗室開放課題，為教師科研提供了有力支撐。三年來實驗室面對“三農” 積極開展技術培訓、技術咨詢和科技下鄉等服務，為京郊檢測農產品等提供數據8000余個。
