大豆生物學省部共建教育部重點實驗室于1998年組建，以大豆遺傳改良、生產與利用為主體研究方向，2005年9月通過教育部組織的建設立項評估和論證。2007年12月通過教育部組織評估專家驗收，正式掛牌成立。
實驗室主要依托于東北農業大學作物遺傳育種學科、作物栽培與耕作學、植物學、食品科學省級重點學科，作物學一級學科博士點，食品科學、生物學2個二級學科博士點，作物學和食品科學與工程2個博士后流動站以及國家大豆工程中心和農業部寒地生理生態重點實驗室，設有大豆遺傳改良、大豆生理生態、大豆食品生物學、3個研究方向。
按照研究方向和實驗需求，大豆生物學省部共建教育部重點實驗室設立了7個實驗平臺，即分子生物學實驗平臺、基因工程實驗平臺、大豆資源及遺傳育種實驗平臺、大豆生物脅迫及非生物脅迫實驗平臺、大豆生理生態實驗平臺、大豆功能食品實驗平臺、大豆生物信息研究實驗平臺。
經過遴選，黑龍江省特聘教授、龍江學者、東北農業大學大豆科學研究所所長、東北農業大學作物遺傳育種學科帶頭人李文濱教授擔任實驗室主任，南京農業大學蓋鈞鎰院士擔任實驗室學術委員會主任。
現有實驗室面積4400m2，其中包括80 m2 -20℃低溫種子資源儲藏庫1間；4℃低溫蛋白質實驗室1間；全自控室內溫室2間；儀器設備總投資1500萬元，購置萬元以上儀器115臺（套）。
近兩年，實驗室承擔了國家科技部“863”計劃、“973”子課題、國家“十一五”科技支撐計劃、國家自然科學基金面上和重大項目、科技部國際合作項目、農業部國家科技成果轉化項目及黑龍江省杰出青年基金等各類科研項目113項；選育和推廣了大豆品種4個；獲國家科技進步二等獎等各種獎項7項；
申請國家發明專利14項，其中公示的9項；獲得軟件著作權5個；獲得6個品種保護權；發表學術論文169篇，其中SCI檢索論文11篇，EI檢索的2篇，ISPT檢索1篇，撰寫著作12部。大豆生物學省部共建教育部重點實驗室培養博士后14人，博碩士研究生224人，其中已獲得博士學位的15人，獲得碩士學位的73人，本科生近千人。
大豆生物學省部共建教育部重點實驗室是國家科技創新體系的重要組成部分，是國家組織高水平基礎研究和應用基礎研究、聚集和培養優秀科學家、開展學術交流的重要基地。實驗室實行“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，接受教育部的定期評估。
在教育部指導下，黑龍江省教育廳和東北農業大學的大力支持下，全體研究人員以飽滿的工作熱情，追蹤國際前沿熱點，結合社會實際需要立足北方大豆產業科技，構筑起北方大豆產業科學理論研究與技術創新的平臺，成為培養大豆行業高層次專門人才及行業科學家學術交流的基地。
