首都醫科大學校本部圖書館始建于1960年，藏書以生物、醫藥衛生類為主。2002年新館建成館舍總面積達13980平方米，圖書館每周自習空間開放112小時，借閱處開放84小時，實行開放式借閱服務。目前館藏總量84.91萬余冊（件），紙質期刊雜志2280種，圖書雜志藏書庫8個共5649.7平方米；閱覽座位1526個，自習閱覽室3個共1562.2平方米，網絡閱覽室1個共151臺計算機位，學術討論室7個共990平方米，為師生提供了良好的閱讀和學習的環境。學校附屬教學醫院共有圖書館面積6817平方米，館藏書籍52.2879萬余冊。同時，校圖書館大力發展電子資源，中、外文學術性全文電子期刊5萬余種，電子圖書235萬余種，形成了以醫學文獻為主體，包括中外文圖書、期刊和報紙合訂本、音像制品以及計算機文檔等在內的多種類型、多種載體的綜合性館藏體系。
圖書館擁有良好的網絡應用環境，可方便地接入互聯網，每天24小時提供網絡信息服務，師生可以在校園網上的任意客戶端自由訪問86種數據庫資源、自行預約和續借圖書。同時，圖書館還在培養醫學生信息素質方面做了大量工作，如開設了《醫學文獻檢索》課程，定期提供各類電子資源及其他資源的講座等。圖書館還專門針對新生開設了《如何利用圖書館》的培訓，目的是培養他們獲取館藏電子信息資源的能力。
圖書館還將引進與開發相結合，建設了網上選書系統、虛擬參考咨詢系統、學術資源門戶網站Metalib/sfx、研究生學位論文庫、中醫古籍庫與解剖資源庫等特色平臺和數據庫，形成了較為完善的網上信息服務體系。
圖書館是大學的文獻信息中心，是知識的寶庫，追求理想的良師益友，是提高素質、增長才干、了解國內外科技發展的信息源，是大學生學習的第二課堂。歡迎各位讀者充分利用圖書館的文獻資源，讓圖書館成為您學習工作永遠依賴的地方！
