經教育部2003年批準，東北農業大學和省教育廳投資3500萬元建設乳品科學重點實驗室，2006年4月通過教育部 組織的專家驗收，并正式掛牌運行，成為我國惟一以乳品科學為研究方向的教育部重點實驗室。
在依托單位已有基礎上，發揮優勢、突出特色，通過學科交叉和融合，產生原創性的科研成果，構建可持續發展、具有競爭潛力的乳業科技體系，建設人才培養基地，提供全方位的支撐，推動乳制品品質改良和產品多樣化，保障中國乳業健康發展。
現有博士生導師15人、副高級職稱人員30人，29人擁有博士學位。研究領域涉及現代生物技術、微生物學、乳品科學與工程、動物科學，涵蓋奶牛育種、飼養、乳品加工和工程。重點實驗室執行主任負責制，設置五個研究部、一個小試車間及一個行政辦公室。
