國土資源工程系是江西應用技術職業學院的傳統特色系，它的前身是地質專業科和測繪專業科，均創建于1973年，1999年合并，設立國土資源工程部，2002年隨著學校的升格改為國土資源工程系。
現設有國土資源調查、測繪信息技術、土地資源管理、國土規劃與測量、寶玉石鑒定與加工等專業。
該系現有測量工程研究室、礦產地質研究室、數字化測圖實驗室、測量儀器實驗室、遙感實驗室、普地構造實驗室、古生物實驗室、地史實驗室、礦物實驗室、巖石實驗室、礦床實驗室、磨片選礦實驗室、寶石加工實訓室、寶玉石綜合鑒定實驗室和青塘實習基地共十幾個實驗實訓室。
2001年受教育部的委托，主持開發了國土資源調查專業（教育部確立的全國80個重點專業之一）的教學計劃、教學大綱，主編了該專業的全國規劃系列教材（共8部），并于2003年出版發行。近幾年在全國、省部級刊物上發表論文48篇，學術專著3部，出版教材20余部（其中包括國土資源調查專業21世紀國家規劃教材8部）。每年都有多名教師被邀請參加國際國內學術會議。
為了適應教學科研的需要，現有全站儀20臺套、GPS全球定位系統三臺套、手持GPS 16臺、測圖精靈1臺等現代高科技產品。建有完備的數字化測圖實驗室、測量儀器實驗室、大型計算機房一個、遙感實驗室、地史古生物實驗室、礦物巖石實驗室、礦床實驗室、找礦實驗室、磨片實驗室、寶玉石加工實訓室、寶玉石綜合鑒定實驗室等。
