生物工程系是武漢職業技術學院重點建設和發展的系部之一?，F有生物制藥技術、藥品經營與管理、微生物技術及應用、食品生物技術等四個專業，生物制藥技術是國家示范性高職建設項目重點建設專業，在校學生800多人。有一支科研能力強、教學水平高、具有高度敬業精神與團隊作風的師資隊伍?，F有教職工38名，其中教授2名，副教授15名，高級工程師2名，34名教師具有研究生學歷。每名教師至少精通一門實用技術，除常規課堂教學外，還分別擔任各種技術技能學習興趣小組指導教師。
經過多年發展，現已形成鮮明的教學特色，專業與課程建設水平在湖北省同類院校中居領先地位：有機化學與應用微生物技術被評為省級精品課程；食品分析、生物化學與技術、藥物制劑技術被評為院級精品課程。擁有裝備完善的校內實驗實訓中心，有微生物、生物化學與技術、食品分析、食品工藝、、微生物專業技術、藥品檢定、藥品分析、藥理、天然藥物化學、藥劑學、下游技術、精密儀器、無機化學、藥物分析與有機合成等14個專業實驗室，3條小型生產線，裝備條件在中南地區處于領先水平。
學院地處武漢光谷腹地——關南生物醫藥產業園中心，與20多家生物與制藥企業緊鄰，校外實訓基地達到28個，并聘請了11名企業專家擔任兼職教師。
先進的辦學理念、一流的教學水平與條件，成就了畢業生的高質量。學生動手能力強，適應面寬，具有良好的吃苦耐勞精神、誠信意識、學習態度和團隊作風，學生每年就業率在95%以上。
專業展示平臺
生物制藥技術
主干課程：無機及分析化學、生物化學、藥劑學、藥理學、天然藥物化學、生物制藥學、藥物分析、藥物化學、生物工程下游技術、生物工程大實驗、儀器分析等。
培養目標：本專業培養能適應現代制藥業需要的、德智體美全面發展的、具有良好職業道德和團隊精神的實用性技術人才。畢業生掌握生物制藥基本理論知識和技能，能夠在生物工程、制藥、醫藥化工、防疾等行業的企事業單位從事有關生產管理、質量檢驗、營銷等方面的工作。
食品生物技術
主干課程：生物化學、微生物學、發酵工程、生物工程下游技術、食品化學、儀器分析、食品營養與衛生、食品工藝學、生化分離技術、食品分析、功能性食品、食品生物技術、食品儲存與保鮮。
培養目標：本專業培養能適應現代保健品與營養品制造業需要的、德智體美全面發展的、具有良好職業道德和團隊精神的實用性技術人才。畢業生掌握生物與功能食品技術基礎理論和技能，能從事食品分析檢測、質量控制、貯藏、保鮮、加工、生產管理、市場銷售等方面的工作。
微生物技術及應用
主干課程：生物化學、微生物學、生化分離技術、發酵工藝學、工業發酵分析、現代釀造技術、生物工程下游技術、生物儀器分析、生物技術大實驗等
培養目標：本專業培養能適應現代生物技術企業需要的，德智體美全面發展的、具有良好職業道德和團隊精神的實用性技術人才。畢業生掌握生物技術專業基礎理論和技能，能夠在食品、釀造、化工、環保、制藥等企業單位從事與生物技術相關的生產、管理、質量檢驗、營銷等工作。
藥品經營與管理
主干課程：計算機基礎與應用、藥理學、藥劑學、微生物學、臨床醫學常識、電子商務、消費心理學、會計基礎、市場營銷與策劃、醫藥OCT代表實務、藥品質量管理與藥事法規等
培養目標：本專業培養能適應現代藥品與保健品營銷企業需求的、德智體美全面發展的、具有良好職業道德和團隊精神的實用性技術人才。畢業生具備藥品、保健品基本理論和營銷技能、能夠在生物工程、制藥、保健品與營養品等生產與營銷企業，獨立從事營銷策劃、市場開發、生產管理等方面的工作。
