園藝系是北京農業職業學院主干系部之一，現有教職工48名，在校生29個班，1056人，其中高職生18個班， 655人，中職生11個班， 401人。園藝系始終堅持面向市場、面向應用、面向就業的教育方針，開展多形式辦學，在全系教職工的共同努力下，走出了一條在適應社會需求中改革、在改革中求發展、在發展中穩步提高的教改之路，辦學水平、規模和效益不斷提高。
園藝系以傳統專業優勢為基礎，以市場人才需求為導向進行專業設置，現有園林、園藝、食品工程技術、綠色食品生產與檢驗等4個大專層次的高職專業，園林、園藝、農產品保鮮與加工、綠色食品生產與開發等4個中職專業，2004年起園藝專業開始招收初中后5年制高職專業。園藝專業是農業部能力體系建設試點專業，園藝專業、園林專業、綠色食品生產與檢驗專業是北京市和學院重點建設專業。園藝專業實訓基地是國家級示范基地，園藝專業、綠檢專業是北京市示范基地。
園藝系有一支教學經驗豐富、實踐能力強的雙師型教師團隊，現有專職教師37名，其中博士5名，碩士16名，在讀研究生9名，雙師型教師占85％。園藝系教師團隊是院辦園林綠化三級資質企業的主要技術支撐，有過半數的教師受聘于北京地區多家企、事業單位，擔任專家、技術顧問等職務，有19名、21人次教師在北京郊區進行鎮長助理掛職；有北京市教學名師1名、市級優秀青年骨干教師2名；被市教委命名為北京市園藝技術創新團隊；承擔了北京市園藝園林專業師資培訓項目。
園藝系近3年來，開展了農村、企業現場指導、講座、培訓、咨詢以及教師鄉鎮掛職、“住村”等多種形式的為為企業、為農民服務活動，服務企業60多個，農村服務范圍覆蓋全市13個郊區縣的51個鄉鎮、123個行政村，培訓22765人次，帶動了農民增收致富，被農民譽為“實用技術的好專家、農民致富的好幫手”。
學院成立五年來，園藝系教師在教科研方面取得了豐碩成果。共承擔教學科研項目15項，其中包括國家級精品課程建設《果蔬貯運與加工》、等國家級課題5項，“農業職業教育實訓體系的構建與創新研究” “梨果實套袋及大面積推廣”和市級精品課程《果樹生產技術》建設等8項為省部級項目。
園藝系主編國家《果蔬貯運與加工》等“十一五規劃” 教材四部，主編《果樹生產技術》等高職高專教材10本，參編《花卉生產技術》等18本高職高專教材；主編和參編各類培訓教材和叢書68本，主編達到50人次，教師參與率達到90%；發表SCI論文4篇、EI論文1篇，在各類核心期刊發表論文48篇；獲市級科技進步一等獎3項；二等獎3項，三等獎2項；教學成果獎10項。
園藝系擁有功能齊全、內涵豐富的實驗、實訓基地，現有植物、樹木、植保等標本室，植物生理、顯微鏡、園藝植物栽培、插花藝術、植物保護、園藝機械、組織培養、食用菌、農產品加工、農產品檢驗等13個實訓室；有300畝的果樹、花卉、蔬菜、苗木、藥材等露地實訓基地；有20棟日光溫室、5000㎡的智能溫室、食品加工實訓和安全食品檢驗實訓車間。能夠滿足學生教學、實驗、實訓需求，承擔學生和校外相關行業人員的職業技能鑒定任務，承擔產學研合作的科研課題的試驗研究。
同時，為全面培養學生的綜合實踐能力，園藝系還與中日友好觀光果園、錦繡大地農業股份有限公司、小湯山特菜基地、順義三高科技農業試驗示范區等20多家從事園藝生產、園林綠化施工、食品標準化生產與食品安全檢測的企業建立了長期合作關系，并簽訂了學生實習協議。校企雙方建立了“企業為主、學校參與、共建雙贏”的管理運行機制；共同成立了基地運行管理小組，制定了嚴格的頂崗實習管理制度，加強頂崗實習管理，注重對學生應職崗位綜合能力的培養，實現了畢業生從學校到社會的平穩過渡。
