南京農業大學圖書館是由原金陵大學圖書館、中央大學圖書館的部份人員和書刊合并建設而成。圖書館實行總館分館制，總館（衛崗校區圖書館）下設浦口分館（浦口區點將臺路40號）、社科分館（逸夫樓5079、6003室）、畜牧獸醫分館（逸夫樓2032～2034室）、農業遺產分館（逸夫樓6011室）。總建筑面積3.24萬平方米。設有閱覽座位4470席，實際在用有線網絡信息點1020個，無線網絡全覆蓋?，F有館藏紙質書刊235.4萬冊，電子圖書1500余萬冊，電子西文期刊13800種，電子中文期刊15200種，國內外數據庫120種，自建特色數據庫6個。圖書館建有1902信息共享空間、單人耘詩書畫展覽室、多媒體學習室等服務設施，每周開放101小時，年接待讀者近220萬人次，年紙本流通總量約50萬冊。圖書流通采用匯文文獻信息服務系統，并與校園一卡通系統接軌，讀者可使用校園卡在館內通過門禁、接受服務、自助繳費、自助充值等。
圖書館、圖書與信息中心合署辦公，不僅是學校的文獻資源中心，同時還是校園信息化中心、現代教育技術中心，負責全校校園信息化的規劃、建設、管理與服務工作；是中國高等教育學會教育信息化分會理事單位，中國教育技術協會高等農業院校分會理事長、秘書長單位，中國農學會農業圖書館分會、科技情報分會常務理事單位，江蘇省圖書館學會常務理事單位，江蘇省高等院校教育技術研究會常務理事單位；是教育部查新檢索單位，江蘇省高校農學文獻中心，江蘇省高校教育技術培訓基地，江蘇省黨員干部遠程教育教學資源建設基地。
學校中心館設有辦公室、讀者服務部、特藏部、文獻資源建設部、研究支持部、策劃推廣部、教育技術部、網絡運營部、用戶服務部、信息應用部、信息化管理辦公室，常年開展書刊借閱、電子閱覽、電子書刊借閱、自助打印復印、書目信息查詢、讀者信息查詢、讀者培訓、參考咨詢、科技查新、文獻傳遞、重點學科導航、校園網接入與管理、校園網和圖書館網站建設、教學視頻資源庫建設與管理、電視教學片攝制、多媒體課件制作等服務工作。
圖書館與南京航空航天大學圖書館、南京理工大學圖書館、南京林業大學圖書館、南京體育學院圖書館共同建設成立了南京城東高校圖書館聯合體，通過統一的圖書資源檢索平臺，實現了紙本圖書通借通還，電子圖書共知共享。
