吉林醫藥學院校訓是：博學厚德、扶傷濟世。
“博學”出自《禮記·中庸》十九章： “博學之，審問之，慎思之，明辨之，篤行之。”“博學之”意謂為學習首先要廣泛獵取，培養充沛而旺盛的好奇心。好奇心喪失了，為學的欲望隨之而消亡，博學遂為不可能之事。“博”還意味著博大和寬容。惟有博大和寬容，才能兼容并包，使為學具有世界眼光和開放胸襟，真正做到“海納百川、有容乃大”。因此博學乃能成為為學的第一階段。越過這一階段，為學就是無根之木、無源之水。
“厚德”出自《周易》：“天行健，君子以自強不息（乾卦）；地勢坤，君子以厚德載物（坤卦）”。意謂：天（即自然）的運動剛強勁健，相應于此，君子應剛毅堅卓，發憤圖強；大地的氣勢厚實和順，君子應增厚美德，容載萬物。譯為：君子應該像天宇一樣運行不息，即使顛沛流離，也不屈不撓；如果你是君子，接物度量就應像大地一樣，沒有任何東西不能承載。
“扶傷濟世”即從醫學院校的性質出發，以要求師生。扶傷濟世有兩層意思，其一即字面意思，救死扶傷，拯救病患，福澤天下；其二為引申義，小到扶助弱小，大到救國濟世，在和平年代也可振興中華，實現中華的和平崛起。以“扶傷濟世”為校訓，就是讓師生樹立濟世強國的目標，并為之奮斗終身。另一方面，扶傷濟世也是讓師生樹立主人翁態度，以強者的身份繼承學校軍事院校傳統，以為國為民為己任。
“學貫中西乃為博，才高德厚以濟世”，這一句話即可概括“博學厚德、扶傷濟世”這一校訓。博學厚德從為學的態度、待人接物的態度兩方面要求師生知與德相結合，全面發展。反過來說，要想扶傷濟世，就得有淵博的學識與崇高的品德，二者緊密結合，不可分割。博學即可概括為知，厚德即可概括為德，扶傷濟世即可概括為行。“博學厚德、扶傷濟世”的校訓，從知、行、德三方面要求師生，一方面在知、德上充實完善自己，另一方面從行動上要求自己，做到知行德三者的統一，為校為國貢獻自己的力量。
校訓由中國書法家協會副主席、中國國際書畫研究會顧問李鐸親筆題寫。
