第二炮兵工程大學原是一所為地面炮兵培養初級指揮軍官的軍事院校。1951年1月，西北軍區司令員彭德懷、政治委員習仲勛簽署命令，由西北軍區炮兵教導團與第一野戰軍野炮團合并改編西北軍區炮兵學校。1951年3月，更名為中國人民解放軍第一炮兵學校。1955年8月，遷至西安。1956年2月，更名為中國人民解放軍西安炮兵學校。

為打破西方大國的核訛詐、核壟斷，加快我國戰略導彈部隊組建步伐，先行培養我國自己的導彈人才，1959年6月，黨中央、中央軍委決定，學校結束地面炮兵培訓任務，以西安炮兵學校為依托，長辛店炮兵教導大隊訓練力量為骨干，吸收空軍十五航校部分教員學員，改建炮兵特種技術性質院校，為保密起見，沿用西安炮兵學校名稱。9月1日，工程一期、技師一期學員開學，標志著我國第一所為戰略導彈部隊培養人才的高等軍事院校光榮誕生。

1963年1月，更名為中國人民解放軍炮兵技術學院。1969年10月，轉隸第二炮兵，12月更名為第二炮兵技術學院。1975年8月，更名為第二炮兵學校。1978年1月，更名為第二炮兵技術學院。1986年6月，更名為第二炮兵工程學院。2011年6月，改建為第二炮兵工程大學。