中國人民解放軍海軍指揮學院 的前身是劉伯承元帥任院長的中國人民解放軍軍事學院海軍系，創立于1952年5月16日。

1957年10月8日，海軍系擴建為海軍軍事學院。

1960年10月1日，學院改稱為海軍學院。

1973年，中央軍委決定在原海軍學院院址組建海軍軍政干部學校。

1978年1月，海軍軍政干部學校恢復為海軍學院。

1986年6月9日，改稱海軍指揮學院至今。學院成立以來，一直受到黨和國家領導人的親切關懷，毛澤東、劉少奇、朱德、董必武、陳毅、葉劍英等老一輩無產階級革命家都曾接見過學院干部、學員或來院視察工作。1991年5月20日，中共中央總書記、軍委主席江澤民親筆為學院題寫了院名。