學員按教學計劃規定修完全部課程，德、智、軍、體等方面考核合格者，準予畢業，符合《中華人民共和國學位條例》規定的學員，授予相應學位。畢業當年6月份，辦理入伍提干手續（臨床醫學專業八年制學員于第五學年結束時辦理入伍提干手續），確定為軍官或文職干部，并享受中國人民解放軍薪金（工資）待遇，家屬享受軍屬待遇。

學員畢業時，統一分配到全軍范圍醫療崗位。畢業當年可報考碩士研究生，特別優秀的可免試推薦就讀碩士研究生。