學校1954年由原第六、七軍醫大學合并而成。第六軍醫大學前身系第四野戰軍醫科學校和南昌醫學院（前國立中正醫學院）；第七軍醫大學前身系太岳軍區衛生學校和第二野戰軍醫科大學。合校后定名為第七軍醫大學，1969年遷往上海，1975年遷回重慶并由中央軍委命名為第三軍醫大學。