大學本部位于重慶，前身是建于1941年的太岳軍區衛生部衛生教導隊（第七軍醫大學前身）、1946年的松江軍區軍醫學校和1937年的國立中正醫學院（兩者為第六軍醫大學前身），1954年，第六軍醫大學（南昌）并入第七軍醫大學（重慶），1975年更名為第三軍醫大學。士官學校位于河北石家莊，前身是建于1939年的晉察冀軍區衛生學校（同年中國工農紅軍軍醫學校派出部分師生開赴華北與該校合并），2011年更名為白求恩醫務士官學校，2017年改建為陸軍軍醫大學士官學校。邊防衛勤訓練大隊位于新疆呼圖壁，前身是建于1947年的西北野戰軍第二縱隊醫訓隊，2016年更名為西部戰區陸軍綜合訓練基地軍醫訓練大隊，2017年改建為陸軍軍醫大學邊防衛勤訓練大隊。