南京政治學院前身為中國人民解放軍南京政治學校，1977年12月，在江蘇省南京市成立。1986年6月，改稱南京政治學院。1992年8月，長沙政治軍官進修學院轉隸并入南京政治學院，改稱南京政治學院分院。1993年6月，南京政治學院分院分離出南京政治學院，改稱長沙政治學院。1999年4月，長沙政治學院轉隸并入國防科學技術大學。1999年5月，空軍政治學院轉隸并入南京政治學院。

南京政治學院上海分院前身為中國人民解放軍空軍軍政干部學校，1951年1月，在河南省洛陽市成立。1952年7月，改稱空軍干部學校。1952年9月，改稱空軍政治干部學校。1954年9月，學校遷址南京市中和橋，改稱空軍政治學校。1962年7月，學校遷址上海市五角場。1974年12月撤銷，1978年3月重建。1986年6月，改稱空軍政治學院。1992年9月，整編為空軍指揮學院分院。1993年6月，恢復為空軍政治學院。1999年5月，轉隸并入南京政治學院，改稱南京政治學院上海分院。