1991年，時任齊齊哈爾第一機床廠教育處副處長曹勇安創辦了民辦黑龍江東亞大學。1993年黑龍江東亞大學合并工廠職工大學后，于1993年12月25日與工廠簽訂了分離合同，走上了一條“自主辦學，自擔費用、自我完善、自我發展”的民辦教育發展之路，開啟了全國“公轉民”辦學體制改革的先河。2001年3月，學校成為黑龍江首批高職院校之一， 校名為齊齊哈爾職業學院。2011年，學校經教育部批準升格為普通本科高校，更名為齊齊哈爾工程學院，成為齊齊哈爾市第一所市屬本科大學。2020年，學校順利通過國家本科教學工作合格評估。

2015年1月，學校發起成立全國性的應用型課程建設聯盟；2016年4月，聯盟與教育部學校規劃建設發展中心共同成立課程建設研究院（現更名為課程建設協同創新中心），課程建設協同創新中心通過組織產教融合課改實驗、師說課改、應用型課程建設大課堂等活動，為推進全國應用型高校課程建設發揮了積極作用。