1949年2月至1949年8月，冀魯豫區菏澤師范學校建立。

1949年8月20日，平原省建立，冀魯豫邊區菏澤師范學校改為平原省立菏澤師范學校，主管單位為平原省教育廳。

1952年12月，平原省撤銷，菏澤、聊城兩地區劃入山東省，平原省立菏澤師范學校改稱山東省菏澤第一師范學校，簡稱菏澤一師，由山東省教育廳主管。

1958年7月，山東省和菏澤專署為了解決菏澤地區中學師資的困難，決定以菏澤第一師范學校作基礎，改建為菏澤師范?？茖W校。

1962年5月，學校傳達山東省文教口精簡機構會議精神，黨委會研究調整撤消工作，6月學校制定了撤消工作計劃。1963年11月25日起，該校停止對外辦公和一切聯系。

1960年建成的東教學樓

1960年建成的東教學樓

1970年7月，山東財經學院被撤銷，把人員和學校設備分別搬遷到惠民和菏澤兩地，改辦惠民、菏澤兩處師專，菏澤師范?？茖W校得以再建。

1978年，經國務院批準，菏澤師范?？茖W校為普通高等師范?？茖W校。

2002年，菏澤師范專科學校、菏澤教育學院、菏澤廣播電視大學3所學校合并，同時并入菏澤師范學校、菏澤農業學校，籌建菏澤學院。

2004年５月17日，經教育部批準，菏澤學院成立。

2011年5月，單縣師范學校、鄆城師范學校并入菏澤學院。

2012年10月，根據省政府要求，菏澤學院實行省市共建、以省為主的管理體制，由省教育廳主管。

2012年12月，學校順利通過教育部本科教學合格評估。

2017年12月，省教育廳與菏澤市政府簽署了共建菏澤學院協議。

2018年10月，學校順利通過教育部本科教學審核評估。

2020年10月，菏澤市人民政府、菏澤學院聯合印發《關于加快校城融合發展的意見》。

2021年2月，學校獲批山東省應用型本科高校建設首批支持單位。