學校于2011年7月4日由原山東經濟學院和原山東財政學院合并籌建，2012年6月9日正式揭牌成立。黨和國家領導人李嵐清、姜春云、王丙乾、陳至立等題詞祝賀。山東經濟學院的前身山東財經學院，創建于1952年，由山東會計?？茖W校與齊魯大學的經濟系合并組建而成，是山東省建校最早的財經類普通高校，也是全國建校最早的財經類普通高校之一。“文革”期間，山東財經學院中斷辦學。1978年，經國務院批準恢復辦學，更名為山東經濟學院。1993年獲得碩士學位授予權。山東財政學院始建于1986年，鄧小平同志親筆題寫校名，是財政部直屬六所高校之一。1998年獲得碩士學位授予權。2000年學校領導管理體制改為中央與地方共建、以地方管理為主。2012年8月23日，財政部、教育部、山東省人民政府在濟南簽署協議，共同建設山東財經大學。2013年7月，經國務院學位委員會批準，學校獲得博士學位授予權。2013年12月，學校入選山東省“省部共建人才培養特色名校立項建設單位”。學校是我省第一所省部共建的省屬重點大學，也是我省內涵提升和名校建設工程第一所重點支持的高校。2017年12月學校第一次黨代會明確了全面建成全國一流財經特色名校發展目標和“堅定一流目標，貫穿兩條主線，突出三個重點，實施四大戰略”的1234發展思路。