澳門科技大學成立于2000年3月, 澳門特區政府行政長官何厚鏵頒布「第19/2000號行政命令」授權精英教育發展股份有限公司(Elite — Sociedade de Desenvolvimento Educacional, S.A.)開辦澳門科技大學。澳門特區政府以租賃及免除公開競投方式, 批地151,324平方米供澳門科技大學建立校舍設施之用。成立初期, 由于教學大樓尚未完成, 需租借澳門中華總商會大樓部份樓層作教學之用。 　　

2001年 澳門科技大學得到中國教育部、國務院港澳辦公室和公安部的批準和協助，擴大向內地十四個省市招生，大學也是有資格在內地招生的港澳高校之一。 　　

2003年 澳門科技大學獲特區政府批準開辦國際旅游管理課程。 　　

2006年 3月25日, 澳門科大醫院與澳門藥物及健康應用研究所成立。同年, 精英教育發展股份有限公司將澳門科技大學的擁有權轉予澳門科技大學基金會。