1947年初，為支援東北解放戰爭的需要，遼東軍區衛生部部長王布君遵照上級指示籌備成立了大連醫學院，是抗戰勝利后中國共產黨創辦的第一所正規醫學院校。1947年4月，學校更名為關東醫學院，王布君擔任首任院長。1949年4月，大連大學創建，關東醫學院被并入大連大學，改名為大連大學醫學院。1950年7月,大連大學撤銷,成立大連醫學院。

1965年，為支持“三線建設”，改變黔北缺醫少藥的現狀，經黨中央、國務院研究決定，將大連醫學院整體南遷歷史文化名城遵義，并于1966年初著手籌建。1969年5月9日，第一列南遷專列火車抵達遵義，從此，大連醫學院更名為遵義醫學院。

1980年9月，為支持大連醫學院復辦，教育部、衛生部決定部分遵義醫學院職工陸續北調大連和沈陽。北調使學校師資極度匱乏，遵義醫學院元氣大傷。但以陳榮殿老院長為代表的一批老教授、老同志扎根老區，為貴州的高等教育和醫療衛生事業無私地奉獻了他們的學識和智慧。從20世紀80年代初期到90年代中期，學校在極度困難中扎實進取，穩定發展，一步步地實現了艱難的復興。

為拓展辦學空間，引進人才，加強對外交流，學校黨委、行政審時度勢，搶抓機遇，經貴州省批準，學校于2001年與珠海市正式簽約建設遵義醫學院珠海校區。校區于2002年夏季落成并投入使用，是目前珠海市唯一的醫學本科院校。