1983年8月，江蘇省人民政府正式批復南京市人民政府，同意籌辦南京財貿學院。

1987年5月，學校改由審計署與南京市人民政府聯合辦學，與江蘇省教委共同管理，同時更名為南京審計學院。

1990年12月，學校改為審計署直屬高等院校，實行審計署、江蘇省和南京市共同領導，以審計署為主的領導體制。

1993年2月，經國家教委批準，學校改建為本科院校，仍實行由審計署和江蘇省人民政府雙重領導，以審計署為主的領導管理體制。

1998年11月，學校成立“ACCA（英國特許公認會計師公會）培訓中心”及“ACCA南京考試中心”。

1999年11月，學校通過教育部本科教學工作合格評估。

2000年2月，學校劃轉為江蘇省直屬高校，辦學管理體制調整為省署共建，以江蘇省管理為主。

2002年4月，南京金融高等?？茖W校并入，組建新的南京審計學院。

2003年，學院新校區征地獲批準，選址于南京市浦口區珠江鎮，背靠老山森林公園，前臨長江，總規模為75公頃，建筑面積40萬平方米。

2003年11月，學校與南京大學聯合培養碩士學位研究生。首批招收會計學、國民經濟學碩士研究生25名。

2005年2月，學校舉行新校區開工奠基儀式。同年10月，學生入住新校區新建校舍。

2005年6月，教育部批準南京審計學院金審學院轉制為獨立學院。

2006年6月，我校召開第二次黨員代表大會，確立了到2020年把我校建成國內外有重要影響的特色名校的戰略目標。

2007年4月，教育部本科教學水平評估專家組進校對我校本科教學水平進行全面評估，我校十九個一級指標獲得十八個A，一個B的優秀成績。

2008年8月，我校會計學、國民經濟學、金融學、行政管理、政治經濟學、法學理論和企業管理共7個學科被評為江蘇省重點建設學科。

2008年9月，我校榮獲“培養ACCA人才最多的大學”獎。

2010年4月，我校被批準為新增碩士學位授予立項建設單位。其中，工商管理、應用經濟學、理論經濟學3個一級學科為立項建設授權學科，公共管理、法學、數學3個一級學科為立項建設支撐學科。

2011年8月，學校成為“三部一省”即教育部、財政部、審計署、江蘇省人民政府共建高校，通過共建形式，支持南京審計學院建成高水平特色大學。

2011年8月，我校ACCA培訓中心正式晉級為全球“ACCA白金級培訓機構”。

2011年10月，學校獲得全國首批審計碩士專業學位授予權。

2012年7月，學校召開第三次黨員代表大會，共商創建特色名校大計。

2012年9月，學校獨立招收的首批研究生——55名審計碩士專業學位研究生入校。

2013年7月，我校被批準為碩士學位（學術學位）授予單位，工商管理、應用經濟學、理論經濟學3個一級學科被批準為授權學科。

2014年10月，我校與先鋒書局共建的浚園“先鋒潤澤書局”正式開業，“浚園”捐獻者、1984級杰出校友朱林楠等出席發布會。

2015年5月，全國審計專業學位研究生教育指導委員會發布審計碩士專業學位授權點專項評估工作方案，我校審計碩士專業學位授權點專項評估綜合得分排名全國第一。

2015年10月26日，教育部同意南京審計學院更名為南京審計大學。

2015年12月12日，學校正式啟用新校名：南京審計大學。

2016年3月，學校編制出臺《南京審計大學“十三五”教育事業發展規劃綱要》，配套制定了《南京審計大學“十三五”學科建設規劃》《南京審計大學“十三五”專業建設規劃》《南京審計大學“十三五”師資隊伍建設規劃》等5個專項規劃。

2016年，學校實施“國家審計高端人才引進培養計劃”。截止12月底，全年共引進或特聘人才99人，其中全職引進教育部4人，特聘4人，特聘國際知名學者1人，特聘學者1人。

2017年2月，在ACCA 項目20周年之際，我校獲ACCA 9門免考資格，成為學校ACCA辦學的新一座里程碑。

2017年4月，學校通過教育部本科教學工作審核評估。

2017年10月14日，學校召開第四次黨員代表大會，確立了到2022年全面建成國內外有重要影響的高水平特色大學的戰略目標。

2018年8月，學校與中央軍委審計署簽署戰略合作框架協議，標志著學校開拓出一條軍民融合發展之路。

2019年5月，學校啟動“南審精神和大學文化”解放思想大討論，凝練出“忠誠、擔當、創新、奉獻”的新時代南審精神內核。

2020年4月，學校與法國SKEMA商學院聯合創辦的南京審計大學國際聯合審計學院正式成立。

2020年12月，南京審計大學粵港澳大灣區審計研究院落地珠海，第十一屆全國政協副主席、第四任審計長李金華出席簽約儀式。

2021年10月26日，我校獲批博士學位授予單位與統計學一級學科博士學位授權點（需要加強建設）。

2022年5月9日，學校出臺《南京審計大學“十四五”事業發展規劃》及10個專項規劃，對十四五期間的事業發展作了科學而詳實的規劃與部署。

2022年10月，學校進入江蘇高水平大學建設高峰計劃B類建設高校行列，取得又一重大標志性成果。

2022年9月23日，學校召開第五次黨員代表大會，確立了學校未來發展的“三步走”戰略。

2023年7月4日，中共中央總書記、國家主席習近平給南京審計大學審計專業碩士國際班的留學生回信，鼓勵他們為深化國家間友誼與合作積極貢獻力量。

2023年10月，學校舉行建校四十周年創新發展大會等建校40周年系列活動。