牡丹江醫科大學是黑龍江省東南部地區唯一一所省屬普通本科醫藥院校，坐落于黑龍江省東南部重要的中心城市和風景旅游城市——牡丹江市。學校歷史溯源于1946年始建的牡丹江專區醫院和1956年始建的黑龍江省衛生干部進修學校，1958年創建牡丹江醫學院，著名歷史學家郭沫若先生題寫了校名。2024年5月經教育部批準同意，更名為牡丹江醫科大學。

學校1958年開始本科教育，2013年獲碩士學位授予權。2006年在教育部本科教學水平評估中，專家組給予了優秀評價。2010年被列為黑龍江省特色應用型本科高校。2012年被評為全國首批卓越醫生教育培訓計劃項目試點高校。2015年被授予“全國文明單位”稱號，在教育部臨床醫學專業認證中獲得了10年的有效期，居地方醫學院校領先水平。2016年在國家本科教學審核評估中獲得專家組高度評價。2020年被遴選為黑龍江省特色應用型本科示范高校首批建設單位。