1、生物醫藥研究院

2、胚胎干細胞研究湖北省重點實驗室

3、武當特色中藥研究湖北省重點實驗室

4、湖北省校企共建金銀花精深加工研發中心

5、中藥材及中藥飲片生產技術研究開發中心

6、武當山區道地藥材產業化關鍵技術湖北省協同創新中心

7、湖北省藥用植物綜合利用工程技術研究中心

8、實驗動物中心

9、基礎醫學研究所

10、醫學化學研究所

11、醫學信息與圖像處理研究所

12、麻醉藥理研究所

13、心血管生物研究室

14、病原生物和免疫研究室

15、衛生管理與衛生事業發展研究中心

16、醫學人文研究中心

17、生命科學研究所

18、生物醫學研究所

19、肝臟外科與器官移植研究所

20、心臟病研究中心

21、臨床醫學研究所

23、中藥藥理研究所

22、生殖醫學研究所

24、藥物分析與篩選研究所

25、中藥產業化工程技術研究中心

26、分子醫學研究和診斷中心

27、骨科研究所

28、醫院管理研究所

30、湖北省臍帶血干細胞治療醫學臨床醫學研究中心

31、國家中醫藥管理局中醫藥科研三級（腫瘤）實驗室

32、腦卒中篩查與防治基地