學校始建于1962年，前身為喀什師范?？茖W校，從建校到1978年的16年間，是自治區5所高等院校（新疆大學、新疆工學院、八一農學院、新疆醫學院、新疆喀什師范?？茖W校）中唯一一所高等師范院校，在新疆特別是南疆基礎教育、社會穩定和經濟發展方面發揮了不可替代的重要作用。 

1978年升格為本科院校，更名為喀什師范學院。2003年獲得碩士學位授權單位資格。2007年在教育部本科教學水平評估中取得了優秀成績。2012年，被列為中西部高?；A能力建設工程高校。2015年4月，更名為喀什大學。2016年6月，被確定為全國100所轉型發展試點高校之一。1994年、2009年，先后兩次被國務院授予“全國民族團結進步模范集體”光榮稱號；2014年，中國語系被國務院授予“全國民族團結進步模范集體”光榮稱號；2022年，被評為“自治區民族團結進步示范學校”。