新疆醫科大學前身為新疆醫學院和新疆中醫學院。

歷史回眸（1950-1966）

1950年，時任新疆省人民政府副主席賽福鼎·艾則孜同志隨同毛澤東主席訪問前蘇聯，在他的積極提議下，毛主席批準在新疆建立醫學高等學府。后來經過周恩來總理的親自籌劃，建設新疆醫學院被納入“一·五”計劃，成為前蘇聯援建我國的156個重點項目之一。

1954年7月，新疆醫學院破土動工。自此，衛生部就從陸續自上海、沈陽、山東等地區選調了大批優秀的教師來到新疆醫學院，支援邊疆醫藥衛生教育事業的創建工作。

1956年7月，新疆醫學院建成招生，初期建立了14個基礎醫學教研室，10個臨床醫學教研室。

1956年10月，開學典禮隆重舉行，新疆醫學教育事業方興未艾。同期學院第一附屬醫院建成開院，附屬護士學校建成招生。

1962年，新疆醫學院醫療系第一期、第二期共189名學生相繼畢業，走上工作崗位，結束了新疆沒有自己培養的各民族高級醫藥衛生人才的時代。在新疆醫學教育事業，醫療衛生事業發展的歷史上，具有劃時代的重大意義。

文革時期（1966-1976）

1966年十年文革開始，在嚴峻的形勢和困難的環境中，廣大師生員工忠于職守、不畏艱險、任勞任怨、埋頭苦干。

1972年，學院開始招收首批工農兵學員，并為西藏阿里地區培養了藏族專業醫務人員。同期，學院先后派出多批醫療隊，分赴天山南北，開展疾病普查和防治工作。

1976年3月，第一附屬醫院，神經外科專家臧人和組成的手術小組，成功地實施了右側顱內-顱外動脈吻合術，解決了腦中風防治醫學的難題，填補了我國此項醫學科學的空白。

重現生機（1976-1986）

1976年10月，“四人幫”的覆滅宣告了十年動亂的終結，全院各族師生員工集會游行，由衷地歡慶這個偉大時刻的到來。

1977年，文革后通過高考錄取的第一批臨床醫療本科生及衛生系、藥學系、基礎醫學師資班等均獲準招收新生，碩士生的招生培養工作也同時啟動，學院的各項工作都展現出了蓬勃向上的生機。

1986年，學院舉辦了慶祝成立30周年的系列活動，自治區的各位黨政領導親臨慶祝大會現場。

改革開放（1986-1998）

1986年，經國務院學位委員會批準，被授予西北地區首批博士學位授權學校，即自治區第一個博士學位點授權點（心血管內科博士點）。

1989年12月，第三附屬醫院（即自治區腫瘤醫院）落成開院，學院的醫療和臨床教學工作得到了充實和加強。此外，附屬腫瘤醫院成功地實施了自治區首例無血切肝術，一附院泌尿外科完成了自治區首例異體腎移植手術，充分展現出學院臨床醫療的先進水平。

1990年，學院首次招收3名留學生，標志著我院國際教育教學水平的進一步提升。新疆中醫學院發展變遷（1961-1998）

1946年，在新疆“三區”革命時期建立伊犁醫士學校。

1954年，原伊犁醫士學校更名為新疆烏魯木齊衛生學校。

1961年4月，經自治區黨委文教部批準，將烏魯木齊市衛生學校改制成立新疆維吾爾自治區中醫學校，設有中醫、中藥、藥劑三個專業。1978年開始招收大專生和本科生。

1985年、1986年先后經國家教委和自治區人民政府批準，在原中醫學校、自治區中醫醫院和自治區中醫研究所的基礎上成立新疆中醫學院，1989年4月經自治區編委確定為正廳級單位。當時，學院設有中醫、中藥、針灸三個本科專業和中醫、中西醫結合、中醫骨傷等本科專業方向，并開設中醫學、中醫高護等?？茖I。

1994年新疆中醫學院掛靠上海中醫藥大學與上海中醫藥大學聯合首次招收中醫內科、中西醫結合內科、針灸和醫古文等專業的碩士研究生。

1998年，成立新疆醫科大學后，中醫學院成為學校下屬的副廳級建制的教學單位。

跨越世紀（1998-至今）

1998年6月，經國家教育部和自治區黨委、政府批準，新疆中醫學院與新疆醫學院合并成立新疆醫科大學。中共中央總書記、國家主席江澤民親自為大學題寫了校名，這是學院發展史上的一個重要轉折，也是新疆中西醫藥文化交融的結晶，更是新疆醫藥衛生教育事業上的不朽豐碑。