1950年
毛澤東主席、周恩來總理在蘇聯訪問期間，同意了時任新疆省人民政府副主席賽福鼎·艾則孜同志的建議，決定在新疆烏魯木齊興建一所醫學高等學府，并納入蘇聯援助新中國建設“一五計劃”156個重點項目。
1954年
新疆醫科大學的前身——新疆醫學院在鯉魚山下開工建設。在黨中央的號召下，一大批來自北京、上海、山東、遼寧等地的優秀教師、醫務工作者匯聚新醫，奠定了學校事業發展的堅實根基。
1956年
新疆醫學院正式建成并首次招生，233名臨床醫學本科生在新醫路校區蘇園舉行了開學典禮，標志著新疆人民從此有了自己培養醫學人才的“搖籃”。
1961年
經自治區人民政府批準，烏魯木齊衛生學校、自治區衛生干部學校兩所學校的部分班級合并，成立自治區中醫學校。1985年，改建為新疆中醫學院。
1998年
經教育部批準，新疆醫學院與新疆中醫學院合并成立新疆醫科大學，學校發展邁上了新臺階。
2016年
學校正式獲批成為省部委共建高校，開啟了新疆醫學高等教育和衛生健康事業發展的新篇章。
近年來
在以習近平同志為核心的黨中央堅強領導下，在自治區黨委、人民政府的關心支持下，學校辦學辦醫水平和綜合實力穩步提升。2023年4月，學校新一屆黨委成立，確定了建設“西部一流并輻射中亞的醫科大學”的奮斗目標，學校步入了高質量發展的新階段。
學校現有教職工18016人（其中大學1485人，附屬單位16531人）,全日制在校生27984人（本?？粕?1682人，碩士研究生5117人，博士研究生678人，各層次學歷教育留學生507人）。擁有全國高校黃大年式教師團隊2個，國家級教學名師1人，全國模范教師1人，全國中醫藥高等學校教學名師1人，國醫大師1人，全國名中醫4人，“長江學者講座教授”1人；6人入選“國家級百千萬人才工程”，63位專家享受國務院政府特殊津貼；自治區級教學名師17人、教學能手12人。2人獲評“全國優秀共產黨員”，4人獲得“全國勞動模范”榮譽稱號，10人獲評“全國五一勞動獎章”。
學校下設26個院部，開設29個本科專業、11個專科專業，有6個國家級特色專業、6個自治區級重點專業，9個國家級一流本科專業建設點、7個自治區級一流本科專業建設點，10個國家級一流本科課程、18個自治區級一流本科課程，1個國家級人才培養模式創新實驗區?，F有醫學、理學、工學、管理學、法學5個學科門類，形成了以醫學為主，其它學科相輔相成的學科結構與布局。臨床醫學學科進入ESI全球排名前2.33‰，藥理學與毒理學位列ESI全球排名前8.32‰，生物學與生物化學潛力值提升至91.43%。4個學科入選自治區“十四五”重點學科建設序列，其中臨床醫學入選優勢學科（自治區一流學科），藥學、中醫學、公共衛生與預防醫學入選特色學科。有5個一級學科博士學位授權點、2個專業博士學位授權點，13個一級學科碩士學位授權點、8個碩士專業學位授權點，4個博士后科研流動站、4個博士后科研工作站。
學?，F有省部級及以上科研平臺60個，其中國家中醫臨床研究基地1個，科技部省部共建國家重點實驗室1個，科技部國家國際科技合作基地1個，國家臨床醫學研究中心分中心9個，教育部省部共建實驗室1個，教育部高等學校學科創新引智計劃1個，教育部國際合作聯合實驗室1個，教育部省部共建協同創新中心1個，教育部工程研究中心1個；自治區重點實驗室18個，自治區臨床醫學研究中心13個，自治區工程技術研究中心2個，“十四五”自治區普通高等學校人文社會科學重點研究基地1個，自治區鑄牢中華民族共同體意識研究與實踐基地1個，自治區引才引智示范基地1個，自治區科普教育基地7個。
學校所轄8所直屬附屬醫院,堅持以人民為中心的發展思想，以滿足疑難危重疾病救治和新疆、周邊國家特高發疾病臨床需求為導向，圍繞絲綢之路經濟帶核心區醫療服務中心建設，充分發揮全疆醫療系統主力軍優勢，主動服務國家戰略和區域社會經濟發展，各附屬醫院形成了優勢集中、特色鮮明、錯位發展、整體聯動，具有較高社會知名度和影響力的醫療資源集群，為“健康中國”、“健康新疆”建設作出了積極貢獻 。
學校不斷加強與國內外知名高校的交流合作，與中南大學、吉林大學、北京中醫藥大學、中國藥科大學、溫州醫科大學建立了全面對口支援協作關系，與復旦大學、中山大學、南京醫科大學等20余所大學建立了深層次共建合作關系。與俄羅斯、日本、英國、塔吉克斯坦、格魯吉亞、哈薩克斯坦等多個國家的大學及研究機構建立了校際合作關系。是自治區首批來疆留學高校示范基地、首批接受政府獎學金的高校，被教育部授予來華留學生教育先進集體，培養了來自印度、巴基斯坦、哈薩克斯坦等39個國家的百余名研究生、上千余名本科生。
