抗日戰爭初期，日本侵略軍攻占華北，上海、南京等地相繼失守，淪陷區學生紛紛失學，流離失所。其中相當一部分流亡至戰略后方西南地區，當時教育部一方面為給流亡醫學生提供繼續就學機會，另一方面為奠定西南地區醫學教育基礎，決定在貴州省貴陽市建立國立貴陽醫學院。
1937年12月31日，教育部聘李宗恩(原北京協和醫學院教授、我國早期熱帶病學專家和醫學教育家)、朱章賡(原任教育部醫學教育委員會常務委員兼秘書、公共衛生學專家)、楊崇瑞(北平第一助產學校校長、協和醫學院婦產科專家)等教授為國立貴陽醫學院籌備委員，并任命李宗恩為籌備委員會主任委員。1938年1月1日籌委會在漢口建立，教育部加聘張志韓(原任貴州省教育廳廳長)和杭立武(在教育部任職)二人為籌備委員。在漢口實際負責籌建工作的還有原武漢大學生物化學教授湯佩松等，到貴陽后還得到原貴州省省立醫院院長朱懋根的大力協助。
當時教育部令籌委會移用國立武昌醫學院籌備費十六萬元(舊幣)，作為國立貴陽醫學院籌備費，又令籌委會接收北平第一助產學校武昌辦事處。籌委會于1月中旬至2月上旬分別在漢口、重慶、西安、長沙、貴陽五處設招生處,招收流亡的醫學生及護士助產學生, 登記者共約三百人，除貴陽地區外，均由招生處負責輸送學生入黔。漢口招收的學生,由湯佩松和齊登科等教授帶領，從武漢出發，經重慶轉抵貴陽。1938年3月1日國立貴陽醫學院宣告成立,教育部正式聘任李宗恩博士為院長。直至1947年7月,李宗恩院長調任北京協和醫學院院長,教育部另任朱懋根教授為我院院長。此時的貴陽醫學院為全國僅有的九所國立醫學院校之一。
建院初期，大批醫學先驅云集我院，如：生物學家林紹文、病理學家侯寶璋、生物化學家湯佩松、內科學家張孝騫、傳染病學家王季午、外科學家朱懋根與沈克非、婦產科學家楊崇瑞與李瑞林、公共衛生學家朱章賡等，為我校醫學教育奠定了堅實基礎。
1949年11月15日，貴陽解放，學校廣大師生職工歡慶解放。11月25日，市軍管會文教接管部派衛生處樊茂萱為軍代表、張祖良為軍事聯絡員，接管貴陽醫學院。1950年2月3日，市軍管會文教接管部命令將貴陽醫學院劃歸文教接管部直接管理，調回樊茂萱、張祖良同志，改派安瑞琮為貴醫軍事聯絡員，同年4月14日，又改派何建明為軍事聯絡員，另派文教接管部秘書主任陳大羽同志協助行政領導工作。
1950年西南軍政委員會文教部文秘字第03049號通知：中央決定凡公立各院校、館名稱，概不加“國立”兩字，因此，貴陽醫學院于1950年12月24日起，取消“國立”兩字，正式更名“貴陽醫學院”，劃歸貴州省人民政府管理。在黨和人民政府的領導下，學校面貌煥然一新，全校師生精神振奮，立志為祖國的醫藥衛生事業發展貢獻力量，將一所舊式的醫學院校逐步改造成為新型的社會主義高等醫藥院校，這在貴陽醫學院辦學歷史上發生了根本性質的改變。從此，師生主動要求進步，積極參加社會政治活動，黨組織得到快速建立和發展，行政領導班子得到加強，學制改革師從蘇聯，新的教學計劃得到修訂，教學方式方法得到完善，師資隊伍得到壯大，教育教學質量得到提高，科研工作得到重視。學生朝氣蓬勃，教師干勁十足，學校各項工作取得豐碩成果，貴陽醫學院步入了健康發展的快車道。
文革十年，全校教職工用堅定的政治責任感，始終對黨充滿信心，始終不忘貴醫肩負的歷史使命，始終秉承“誠于己，忠于群，敬往思來”的校訓，立足崗位，踏實工作，做出了一定的成績和貢獻。學校廣大教師和醫護人員，繼續堅持救死護傷，防病治病，送醫送藥，積極開展巡回醫療。制訂教學計劃，保證教學質量。舉辦醫學?？七M修班，開辦金沙和織金分院。難能可貴的是，廣大教師在沉重壓力下，積極開展醫學研究，1971年成立“貴州省腫瘤防治研究辦公室”，隨即舉辦腫瘤普查學習班。地方性氟中毒癥、慢性微電極技術、巴拉巴拉按蚊實驗室種群馴養成功3個科研成果，在1978年分別榮獲全國科學大會獎、全國醫藥科學大會獎及貴州省科學大會獎，寄生蟲學教研組、生理學教研組榮獲全國醫藥衛生先進集體，學校由于科研成果突出得到全國科學大會表彰。
黨的十一屆三中全會以來，在黨的正確路線、方針、政策的指引下，學校廣大教職醫護員工生經過撥亂反正，銳意進取，發展進入了快車道。1978年全國恢復招收研究生，學校招收了第一批碩士研究生，由4個較好的學科、專業及5名學術造詣較高的教授、副教授作為導師進行招生，經初試及復試，從33名考生中擇優錄取8名碩士研究生，金大雄、孟慶華、李貴真、張美祥教授和劉家騮副教授為第一批碩士生導師。1981年經國務院批準，醫學生物學、寄生蟲學、病理解剖學、內科學四個學科獲得碩士授予權，同年，8位畢業生獲得醫學碩士學位。
學校1982年開始面向全國招生，招生專業也不斷擴大，從1978年至1984年，由4個學科、專業發展到15個學科、專業，指導教師從1978年的教授4人、副教授1人，增加到教授8人，副教授或副主任醫師18人。先后招生的學科、專業有醫學生物學、寄生蟲學、病理解剖學、內科學、X線診斷學、微生物學、皮膚病學等。
1985年成為全國首批獲得“免試推薦優秀應屆本科畢業生攻讀碩士學位”的單位。1997年又成為全國首批“在職人員以研究生畢業同等學力申請碩士學位”的授權單位。2003年9月8日，國務院學位委員會《關于批準新博士、碩士學位授予單位的通知》(學位[2003]56號)公布經國務院學位委員會第二十次會議批準，學校成為博士學位授予單位，授權點為“病理學與病理生理學”。2005年，順利通過教育部組織的本科教學工作水平評估。2006年，被遴選為省屬三所重點大學之一。2009年，時任中華醫學會會長、中國工程院院士鐘南山教授受聘為名譽院長。2009年獲得博士后科研流動站。2011年，獲得基礎醫學一級學科博士學位授權點和6個一級學科碩士學位授權點，同年，為了擴大學校規模，1500畝的南校區開工建設。2012年，學校獲得“中西部高校基礎能力建設單位”項目，并成為首批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校。2014年，南校區建設完成，開啟了兩校區辦學新紀元；12月，學校迎來了全國高等學校評議設置委員會專家，2015年1月30日，教育部專家以近年少見、本次唯一的全票，通過學校更名貴州醫科大學，實現了貴州醫科類高校大學零的突破；6月15日，學校舉辦了隆重簡樸的更名揭牌儀式，在揭牌儀式現場，還舉行了貴州醫科大學天然產物化學重點實驗室及大健康學院的揭牌；2015年3月，學校成功整合貴州省中國科學院天然產物化學重點實驗室，這是貴州省醫藥科學研究力量的一次強強組合，有利于集中力量打造國家級高水平創新平臺。
