云南中醫藥大學成立于1960年，是全國第二批成立的中醫藥院校之一，前身是成立于1953年的昆明中醫進修學校。

1951年經昆明市衛生局批準開辦昆明中醫進修班。

1953年3月，在昆明中醫進修班基礎上，經上級批準，成立昆明中醫進修學校，專門承辦中醫進修班。校址位于昆明市景星街110號，校長由昆明市衛生局副局長王之翰兼任。同年，昆明中醫進修學校劃歸云南省衛生廳領導，校址遷至昆明市三合營原13號。

1957年1月校址從昆明市三合營13號又遷至昆明高峣辦學，上級任命省衛生廳廳長王天順兼任校長。同年增設 “中醫師資班”、“針灸師資訓練班”、“中藥調劑班”、“麻風防治干部訓練班”和“衛生干部文化班”。

1958年7月1日昆明中醫進修學校更名為云南省中醫學校，校址遷至昆明市平政街41號，自此正式開辦四年制中醫中專班。同年再增設“保育訓練班”和兩年制“西醫離職學習中醫研究班”，在校學生總數達630人。王多海擔任校長，吳佩衡擔任副校長，后由吳佩衡擔任校長，王多海任黨總支書記兼副校長。

1960年5月，為貫徹黨的衛生工作方針，落實黨的中醫政策，發掘、整理祖國中醫藥遺產，云南中醫學院正式掛牌成立。吳佩衡任首任院長。

1962年初，由于國家處于經濟困難時期，云南中醫學院面臨停辦危機。時逢周總理到云南視察工作，在周恩來總理的關懷下，云南中醫學院得以保留。

1964年2月，學校校址自昆明市平政街41號遷至白塔路6號（原昆明第一衛生學校校址），占地30畝。

“文化大革命”期間，學院和全國其他高校一樣，辦學受到嚴重影響，造成了不可估量的損失。“文革”后期，師生員工在極其艱難的條件下堅持辦學， 1971年至1976年累計畢業三年制中醫專業學生630人。

1987年9月12日，經上級批準，在昆明市官渡區關上鎮雙橋鄉征地109畝，擴建學校。 　　 

1992年2月，中藥系由白塔校區搬到關上校區辦學，自此關上新校區正式啟用?！　?/p>

1997年，學校承擔中國“99昆明世界園藝博覽會”藥草園建設工作，該園是博覽會設建的六大專題園區之一，為世界博覽會之首創。1999年建成，得到江澤民總書記、李嵐清副總理等黨和國家領導人的高度評價，榮獲“中國’99昆明世界園藝博覽會”貢獻獎?！　?/p>

1997年，學校黨政部門全部搬到關上校區辦公，自此關上校區成為校本部?！　?/p>

2005年，為適應中醫藥教育發展的需要，經上級批準，學校在呈貢新城雨花片區征地823.5畝進行校區建設，2008年9月10日，呈貢新校區一期工程建成并投入使用，首批1750余名師生正式入駐新校區。 　　

2009年3月1日，學院院本部全日制本?？粕?、研究生和留學生3 000余人及教職員工近600余人正式入駐呈貢新校區，成為第一家整體搬遷入駐呈貢新區的高校。從此，云南中醫學院的歷史又翻開了新的一頁。

2010年5月，省委對學院黨政領導班子主要負責同志職務進行了調整，新一屆黨政領導班子到任，楊建軍同志任黨委書記，李瑪琳同志任校長。

2010年11月20日，學院在呈貢校區隆重慶祝建校50周年慶典活動。

2021年10月25日，我校參加了2021年國家中醫藥管理局國際合作司“中醫藥國際合作專項”項目投標，我校申報的“中國-老撾中醫藥中心”項目中標。這標志著我校“中國-老撾中醫藥中心”獲批國家級海外中醫藥中心建設項目。

　　2022年，中國中醫藥聯合研究生院獲準成立，我校成為 10 家成員單位之一。

　　2022年2月，中共云南省委辦公廳下發《中共云南省委辦公廳、云南省人民政府辦公廳關于命名第九屆云南省文明村鎮、第十六屆云南省文明單位、第二屆云南省文明家庭和文明校園的通報》（云辦通【2022】7號），我校入選第二屆云南省文明校園名單，正式獲評云南省文明校園。

　　2022年4月21日，云南中醫藥大學與老撾衛生部傳統醫藥研究院通過視頻方式舉行“中國-老撾中醫藥中心”項目合作諒解備忘錄線上簽約儀式。以此為標志，雙方將全面啟動在傳統醫藥領域的聯合醫療、醫學研究、人才培養等方面的合作與交流。

　　2022年9月，學校召開干部大會，省委組織部領導宣布省委對學校黨委主要領導和行政主要領導的任職決定，邱勇任校黨委書記，丁中濤任校長。

　　2022年11月25日至27日，中國共產黨云南中醫藥大學第一次黨員代表大會在呈貢校區舉行。這是學校更名為云南中醫藥大學后召開的第一次黨員代表大會，也是學校深入學習貫徹黨的二十大精神的一次十分重要的大會。邱勇同志代表中國共產黨云南中醫藥大學委員會向大會所作的《擔當中醫藥傳承創新發展使命，為開創特色鮮明高水平中醫藥大學新局面而團結奮斗》的報告。大會明確了今后五年學校工作的總體思路，選舉產生了新一屆校黨委和校紀委班子。今后五年學校工作的總體思路是：堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，全面貫徹黨的教育方針，全面貫徹新發展理念，緊緊圍繞黨的二十大和省第十一次黨代會提出的奮斗目標，牢記為黨育人、為國育才使命，落實立德樹人根本任務，以推動高質量發展為主線，以培養德智體美勞全面發展的社會主義建設者和接班人為宗旨，以深化體制機制改革為動力，實施黨建系統工程，促進中醫藥傳承創新發展，開辟一條以中醫藥為主體，民族醫藥、國際化教育為特色的內涵發展之路，全面提高學校人才培養質量，全面提升在云南經濟社會發展中的貢獻度，全面擴大在高等中醫藥教育中的影響力，奮力邁進西部高等中醫藥院校先進行列。大會選舉丁中濤、祁苑紅、李正良、楊盼、楊鶴清、邱勇、張云富、陳穎、陳祖琨、俞捷、徐莉婭、黃孝平、溫偉波（以姓氏筆畫為序）擔任學校第一屆黨委委員；選舉張穎、張熙、陳穎、陳文斌、歐陽繼林、侯玲、戴振杰擔任學校第一屆紀委委員。

　　2023年，順利完成首次博士研究生“申請－考核制”招生改革。

　　2023年4月，學校組建臨床實踐教學基地聯盟，97家臨床實踐教學基地單位成為首批聯盟成員。

　　2023年9月，云南中醫藥大學教育基金會獲上級部門批準；教育基金會成立大會同年11月17日舉行。

　　2024年7月，由我校丁中濤校長為團長、我校專家為主體的云南省專家人才產業服務團與云南白藥集團簽約，共譜生物醫藥產業創新發展新篇章。

　　2024年10月，我校獲中醫博士專業學位授權點與中藥學一級學科博士學位授權點。

　　2024年10月，學校接受本科教育教學審核評估。