學校成立于1960年，前身是1953年成立的昆明中醫進修學校，1960年云南中醫學院正式掛牌成立，1986年獲碩士學位授予權，2016年成為云南省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校，2018年成為博士學位授予單位，同年更名為云南中醫藥大學，是國家中醫藥臨床研究基地、國家中醫藥服務出口基地、國家中醫藥國際合作基地、國家中醫藥傳承創新中心培育單位、國家中醫臨床教學培訓示范中心、國家藥物臨床試驗機構。目前，已發展成為以中醫藥為主體、民族醫藥為特色，以本科教育為基礎，研究生教育規模不斷擴大，繼續教育和對外教育呈現良好態勢，醫、理、工、管多學科協調發展的綜合性中醫藥院校。
學?，F有呈貢和白塔兩個校區，總占地面積778.78畝，總建筑面積355563.65㎡?，F有11個學院、2個公共課教學部；有實踐教學基地140余個，其中直屬附屬醫院2所，非直屬附屬醫院13所；成立臨床實踐教學基地聯盟和集全省135家中醫院和相關單位為一體的云南省中醫醫療集團；有紙本藏書110余萬冊，電子藏書485.3萬冊，古籍1.8萬冊。
64年來，學校為邊疆地區培養了9.2萬余名中醫藥專門人才，校友遍布云南省16個州市129個縣區，近60%畢業生在基層醫療衛生機構工作。涌現出中國工程院院士朱兆云、旅法中醫專家時空針灸創始人朱勉生、全軍中醫藥“國醫名師”寧亞功等一大批杰出校友。省內80%以上名中醫、榮譽名中醫、基層名中醫，全省50%以上縣級中醫醫療機構負責人均為學校畢業生。
學?，F有全日制學生1.6萬余人，其中本科生13378人，碩士研究生2434人（含港澳臺2人），博士研究生47人（含港澳臺1人），留學生163人，港澳臺學生5人。有在職在編教職工842人，其中博士人數268人，占比為31.83%，碩士人數450人，占比為53.44%，學歷、學緣、職稱結構合理。入選省部級及以上人才培養支持計劃417人次，聘請118名國內外知名教授和專家擔任名譽校長、客座教授、名譽教授。有25個本科專業，其中國家一流專業建設點4個、特色專業2個、綜合改革試點專業1個，省級一流專業建設點12個、特色專業5個、綜合改革試點專業3個；有國家級一流本科課程5門、省級一流本科課程25門，有省級黃大年式教師團隊3個，省級以上質量工程項目200余項。有國家中醫藥管理局高水平中醫藥學科5個、省一流學科建設項目3個。有一級學科博士學位授權點1個，一級學科碩士學位授權點4個、碩士專業學位授權點5個。首開我國傣醫本科教育先河，構建全國唯一的傣醫學本、碩、博人才培養體系。
學校聚焦民族醫藥、滇南醫藥、南藥研究三大科研集群，科研實驗室總面積達17574.8㎡，設備總值達1.32億元。擁有國家級及省級科研平臺22個，其中國家中醫臨床研究基地1個，國家中醫藥管理局中醫藥科研三級實驗室2個，省級重點實驗室3個、工程（技術）研究中心4個、中醫藥臨床評價研究中心1個，公共科技服務平臺2個，省級新型研發機構2個，省級協同創新中心3個，省哲學社會科學研究基地1個，省技術轉移示范機構1個，省國際聯合創新平臺1個，省國際科技合作基地1個。云南省科技特派團3個。擁有省級創新團隊8個，省級院士專家工作站及站點23個。擁有省高校重點實驗室和工程中心24個，省高?？萍紕撔聢F隊17個。推進校政、校校、校地、校企合作，打造“保健品化妝品第三方檢測、臨床藥理評價研究、健康產品研發、中醫藥知識產權戰略運營中心”4大平臺，初步構建了“云中創造”“云中制造”健康系列品牌?？蒲辛㈨椇涂蒲薪涃M逐年提升，科技成果獲獎穩中有升。近3年來（2021-2023年），學校作為第一單位獲省級科研成果獎8項，其中云南省科學技術進步獎一等獎2項，二等獎2項，中華中醫藥學會科學技術獎一等獎1項。
學校積極服務地方社會經濟發展，校地校企合作深入推進，與37個州市政府、科研院所、高校、企業等單位簽訂戰略合作協議。直屬附屬醫院2所，非直屬附屬醫院13所。兩所直屬附屬醫院醫療服務能力不斷增強，群眾滿意度不斷提升。在2023年全國三級公立醫院績效考核中，第一附屬醫院在全國568家中醫綜合醫院中位列第16位，5年蟬聯全國“A+”；第二附屬醫院在全國中西醫結合醫院中位列第52位，等級躍升為“B”。全力幫扶助推貢山縣脫貧攻堅，被評為“云南省脫貧攻堅先進單位”。充分發揮中醫藥在疫情防控中的治、控效能，選派醫護人員赴武漢、上海參與疫情防控工作，以“零感染”圓滿完成救治任務。“云南中醫藥大學教育基金會”獲省民政廳批復設立并開展相關工作。組建青年志愿服務隊，開展社會志愿服務，積極參與禁毒防艾宣傳及無償三獻活動，持續開展“揚帆計劃”“返家鄉”社會實踐，通過政策宣講、教育關愛、愛心醫療為社會貢獻青春力量。
學校秉承“崇德和合、博學敦行”的校訓精神，全校師生矢志不渝、同心同德，扎根紅土、立足邊疆，以培養“崇德至善、博學致精、敦行致道、和合致遠”的高素質中醫藥人才為目標。注重文化育人，增強中醫藥文化自信，開展讀誦經典等主題實踐教育，形成“理論與實踐、科學與人文、知識與操守”并重的教育教學理念及人才培養模式。學校堅持以學生為中心，以教育教學為主業，以本為本，全面深化改革，加強內涵建設，朝著“雙一流”大學目標邁進。
學校胸懷本土，放眼世界。早在1990年，就代表中國與西班牙實現政府間合作辦學，建立了“加泰羅尼亞-云南中醫學院”，開創了中國中醫藥領域海外辦學的先河，被載入全國中醫藥高等教育60年史冊。成立“瀾滄江—湄公河傳統醫藥學院”，面向瀾湄區域持續開展國際傳統醫藥人才培養。發起并連續主辦10屆“大湄公河次區域傳統醫藥論壇”、3屆“瀾滄江—湄公河傳統醫藥學術交流會”和2屆“騰沖科學家論壇分論壇暨瀾湄科技人文交流論壇”，成為南亞東南亞區域最有影響力的國際傳統醫藥教育交流合作平臺。先后獲批“中國-緬甸”和“中國—老撾”2個國家級海外中醫藥中心。建有世界唯一的中醫西學博物館，國家漢辦“孔子學院總部國際（西學）中醫文化推廣研究基地”，連續舉辦10屆中醫西學國際論壇，牽頭成立世中聯中醫人類學專業委員會。建設南藥協同創新中心，牽頭國際聯合科研，成立世界傳統醫學研究院、大湄公河次區域國家傳統醫藥合作交流學術委員會和傳統醫藥知識及藥用植物保護委員會。
欣逢盛世，中醫藥迎來了天時、地利、人和的大好發展時機。2022年11月召開的云南中醫藥大學第一次黨代會，分析了當前發展形勢，系統謀劃學校未來的發展目標，凝聚全校師生的共同意志形成了“1221”戰略部署：走一條特色發展之路，實施學術興校、人才強校兩大戰略，圍繞“全面提升在云南經濟社會發展中的貢獻度、邁進西部高等中醫藥院校先進行列”兩個目標，開創一個團結奮斗的嶄新局面。
