學校創辦于1938年，前身是國立云南大學農學院，建址昆明市呈貢縣，1958年獨立建成昆明農林學院，遷址昆明北郊黑龍潭，1962年滇南大學、滇西大學并入昆明農林學院，1969年搬遷至大理州賓川縣，1970年遷至原曲靖地區尋甸縣，1971年與云南農業勞動大學合并成立云南農業大學，1980年搬回昆明北郊黑龍潭。
1983年成為碩士學位授權單位，1993年列為云南省屬重點大學，2003年成為博士學位授權單位，2007年設立博士后科研流動站。2008年教育部本科教學評估為優秀，2009年、2013年、2014年省委省政府依托學校教育管理資源分別創辦了云南農村干部學院、云南省食品安全管理學院、云南省高原特色農業產業研究院。2013年，經科技部、教育部審核批準建設云南農業大學新農村發展研究院。
學校現有在職教職工1922人，其中高級職稱881人。有中國工程院院士1人，國家百千萬人才工程國家級人選5人；國家萬人計劃“科技創新領軍人才”3人；國務院政府特殊津貼9人；農業農村部“神農英才”青年人才3人；霍英東青年基金2人、青年教師獎2人；云南省有突出貢獻優秀專業技術人才6人、云南省政府特殊津貼6人；199人入選云南省“興滇英才支持計劃”，其中科技領軍人才2人、云嶺學者12人、產業創新人才26人、教學名師10人、首席技師1人、文體人才1人、青年人才147人；云南省中青年學術技術帶頭人及后備人才84人，云南省技術創新人才11人。云南省教育系統先進集體3個、云南省教育系統優秀教師3人、云南省優秀教育工作者2人。全國教育系統先進集體2個，全國專業技術人才先進集體1個。擁有國家級科技創新團隊1個，省部級科技創新團隊19個、云南省哲學社會科學類創新團隊2個；云南省教育廳科技創新團隊18個。教育部高等學校教學指導委員會委員11人。
學?，F有73個本科專業，其中國家級特色專業6個、國家級一流專業13個、國家工程教育認證專業2個，省級特色專業7個、省級重點建設專業8個、省級品牌專業5個、省級一流專業24個，中外合作辦學專業2個。有省級一流學科8個，一級學科博士后科研流動站6個，一級學科博士學位授權點6個，二級學科博士學位授權點24個，一級學科碩士學位授權點14個，二級學科碩士學位授權點76個。有農業、獸醫、翻譯、體育、風景園林、社會工作、生物醫藥、資源與環境、土木工程、林業、公共管理、工程管理12種碩士專業學位類別。有在職人員申請碩士學位授予權和外國留學生招生權?，F有省部共建云南生物資源保護與利用國家重點實驗室、農業生物多樣性應用技術國家工程研究中心、西南中藥材種質創新與利用國家地方聯合工程研究中心、云南高原特色現代化農業省部共建協同創新中心、國家農科專業基礎實驗教學示范中心、新農村發展研究院和中國——東盟教育培訓中心等國家級教學、科研和社會服務平臺7個（國家級科研平臺5個）；擁有教育部重點實驗室、農業農村部觀測試驗站、云南省重點實驗室、工程（技術）研究中心、協同創新中心、智庫、研究基地等45個部省級科研平臺；院士（專家）工作站24個；國家種質資源庫分庫、云南省省級種質資源圃（庫）等5個；省高校重點實驗室、工程中心等31個，云南省生物多樣性和生物技術創新人才培養基地、云南省環境科學與工程創新人才培養基地各1個；學校還建有昆明市重點實驗室等科研平臺7個、校級科研平臺38個。
學校始終以立德樹人為根本，以強農興農為己任，先后榮獲“全國創新創業50所典型經驗高校”“全國畢業生就業50所典型經驗高校”“全國就業工作先進單位”等榮譽稱號。學校主動對接區域經濟社會發展和產業需求、融入國家戰略，堅持以人才培養與社會融合的大系統育人理念為導向，以多樣化農科創新創業人才培養為主線，以知識、能力、素質為要素，以培養目標為基礎，以培養質量標準為核心，以支撐引領云南現代農業發展為己任，培養了一批批服務于地方經濟社會發展的優秀人才。辦學初期，農業教育家湯惠蓀、農學家張海秋、育種學家諸寶楚、植物病理學家段永嘉、煙草學家徐天騮、生物統計學家昝維廉、園藝學家蔡克華等為代表的一批學術先賢開創了邊疆農大辦學基業，先人風范激勵著一代代學子踐行“厚德博學、明理尚農”之校訓。辦學85年來，為社會培養了18萬余名具有“科學情操、大地情懷、農民情結”的專業人才。其中，水稻育種家、全國先進工作者歸僑鄧友成，獻身彝區五十年，育成“楚粳”系列水稻品種，推廣面積占云南省中海拔地區水稻種植面積50%以上；煙草育種專家、全國煙草行業勞動模范李永平，育成“云煙85”和“云煙87”品種，推廣面積占2007年全國煙草種植面積的56.7%；全國五一勞動獎章獲得者崔秀明，立足邊疆苗嶺壯鄉，成為開創“三七之鄉”支柱產業科技領軍人；畜牧專家馬崇文扎根基層第一線，成為“感動中國畜牧獸醫科技推廣功勛人物”；全國五一勞動獎章獲得者、全國先進工作者李華春，為云南乃至全國以及東南亞國家的動物疫病防控做出了重要貢獻；全國先進工作者胡明成，扎根昭通開展糧食作物科研與推廣應用工作，支撐全市百萬噸增產計劃如期實現；全國脫貧攻堅先進個人晉洪江，為金平縣如期脫貧作出貢獻；全國“最美基層高校畢業生”獲得者張可，他用實際行動詮釋了當代青年的責任與擔當，是小我融入大我的最直接的體現。多年來，在大健康、生物科技、農業領域涌現出了一批干事創業的優秀企業家，促進了當地經濟社會快速發展。云南省農業高級技術人員80%以上、農業技術推廣站（所）負責人80%以上、縣鄉主管農業的領導80%以上是我校畢業生，少數民族畢業生占25%以上，他們既熟悉少數民族文化、又掌握現代農業科技和管理知識，扎根邊疆民族地區孜孜以求，勤奮工作，為增進民族團結、邊疆穩定，促進邊疆民族地區社會經濟發展作出了重要貢獻。
近年來，學校緊扣教育高質量發展主線，以新農科、新工科、新文科建設和深化學分制改革為契機，持續推進教育教學改革與創新。進一步優化專業結構，逐步構建了以農科為優勢，農、工、經、管、理、文、法、教育多學科相互融合、相互支撐、協調發展的學科專業框架；適時修訂完善人才培養方案，優化構建多樣化的人才培養模式和高質量課程體系，5門課程入選全國生態文明信息化教學成果，6門課程獲批省級課程思政示范項目，獲準立項3項省級課程思政教改項目，建成國家級和省級一流課程43門（國家級一流課程12門，省級一流課程31門）、精品課程35門，建設省級研究生優質課程29門；近10年獲國家級教學項目84項、省級教學項目124項，主編、副主編省部級以上規劃教材220部；建設了課程開發系統、自主學習中心、實驗教學中心、教學科研基地、教學管理五大教學平臺，產學研協同共建校外實踐教學基地326個；獲國家級教學成果獎2項、省級教學成果獎58項；先后獲“全國深化創新創業教育改革示范高校”“全國教育系統先進集體”等榮譽稱號，學校連續14年在云南省高校畢業生就業創業工作目標責任制考核中名列前茅。
學校緊緊圍繞現代農業發展，以國家和區域經濟社會發展需求為導向開展科學研究。學校先后承擔聯合國全球環境基金、歐盟項目、國家973計劃、863計劃、國家重點研發計劃、科技支撐計劃、國家基金重點項目等各級各類項目3715項，科研經費達16.5億元；獲國家科技進步二等獎、國家技術發明二等獎、聯合國糧農組織（FAO）科學研究一等獎、國際農業研究（CGIAR）杰出科學獎、何梁何利科學技術進步獎、云南省科學技術杰出貢獻獎、云南省科技進步特等獎等國際、國家及省部級獎勵461（第一單位347）項。其中，朱有勇院士團隊創建了農業生物多樣性控制病蟲害理論與技術，研究成果在《Nature》作為封面文章發表，在國內大面積推廣應用累計達3.02億畝，突破作物品種單一化種植重大難題，成為世界上利用生物多樣性控制病蟲害的成功典范，獲國家科技進步二等獎、國家技術發明二等獎等獎勵；李錚友教授等率先育成中國第一個水稻雄性不育系，并首先實現我國雜交粳稻“三系”配套，獲全國科學大會獎，創造了雜交粳稻單產1108.55千克的世界紀錄，率領團隊育成品種40多個，累計推廣3000多萬畝；盛軍教授團隊圍繞茶葉等特色生物資源，通過建立茶樹基因組數據庫，系統闡釋了茶樹起源、演化以及茶樹基因遷徙規律，闡明普洱茶降血脂、降血糖、減緩糖尿病并發癥機理，開發普洱茶系列深加工產品，發掘辣木、鐵皮石斛、瑪咖等新資源，實現了創新引領產業升級發展；魏紅江教授團隊構建基因編輯和體細胞克隆技術，與美國合作獲得了世界第一批內源性逆轉錄病毒失活克隆豬，并在《Science》上以封面文章發表，同時獲得了人類系統性紅斑狼瘡、杜氏肌營養不良癥、侏儒癥等多種小型豬疾病模型。董揚教授團隊的葡萄資源研究在國際頂級期刊Science發表封面文章，揭示了葡萄的起源、遷徙、品種分化等多個重要結論，為葡萄基因組輔助育種、品種溯源提供了重要參考數據集。這一成果標志著我國葡萄生物資源研究達到世界領先地位。
學校秉持社會服務甘于立地的理念，圍繞全面推進鄉村振興戰略實施總目標，積極開展定點幫扶、興邊富民、百億斤糧食增產計劃、農業科技進藏區、校地校企校校合作、科技特派團（員）、“三區”科技人才專項計劃等農科教社會服務，取得明顯成效。與昆明、普洱、楚雄、文山、德宏、迪慶、大理等10余個州（市）及700多家企業簽訂合作協議，建立了全方位、深層次、寬領域的合作關系；深入開展校地校企合作，大力扶持當地發展優質、高產、高效現代農業；積極開展校校合作，在人才培養、科學研究、學科專業建設等方面提供智力支持；堅持“一流黨建引領、農業科技支撐、助力鄉村振興”的思路，持續開展駐村幫扶、產業幫扶、科技幫扶、教育幫扶、黨建幫扶，助力幫扶縣鞏固拓展脫貧攻堅成果，推進鄉村振興。發揮新農村發展研究院（國家級）、云南省高原特色農業產業研究院、繼續教育學院（云南農村干部培訓基地）、云南省食品安全管理學院和中國——東盟教育培訓中心、優質省級職教師資培養培訓基地、云南省現代農業技術培訓基地、鄉村振興人才培養優質校的優勢和作用，積極探索建立農科教相結合、校政企一體化的科技服務新模式，找準發力點，加強“三農”人才培養，為高原特色現代農業產業發展提供人才支撐和智力保障。以朱有勇院士為代表的“云農人”胸懷“三農”，把自己多年的科研成果寫在了“云嶺”大地，引領了地方產業發展。學校連續八年被省委、省政府表彰為“年度社會扶貧先進集體”，連續兩年在全省鞏固脫貧攻堅推進鄉村振興定點幫扶工作考核中被評為“好”等次。2018年，《厚植科技資源 助力產業扶貧》入選教育部“省屬高校精準扶貧精準脫貧20個典型項目”。2019年朱有勇院士被中宣部授予“時代楷模”榮譽稱號、學校“三區”科技服務工作受到科技部通報表揚。2021年朱有勇院士和社會服務中心分別被黨中央、國務院授予“全國脫貧攻堅先進個人”“全國脫貧攻堅先進集體”榮譽稱號 。
學校堅持開放辦學，堅持“請進來”和“走出去”齊頭并進，堅持“輻射周邊，面向世界”，堅持“服務教學、服務師生、服務科研、服務社會”的國際化辦學理念。先后與英國、美國、日本、德國、韓國、法國、比利時、荷蘭、加拿大、澳大利亞、新西蘭、泰國、越南、老撾、緬甸、斯洛文尼亞等23個國家100多所海外院校建立了交流合作關系。2015年，與胡弗漢頓大學開展“土木工程”（“4+0”）專業中外合作辦學項目，獲教育部批準，同年9月開始招生；2016年，與新西蘭林肯大學開展“農林經濟管理”（“3+1”）專業中外合作辦學項目，獲教育部批準，同年9月開始招生。1987年開始，與英國胡弗漢頓大學、日本鹿兒島大學等開展本、碩、博聯合辦學；長期與越南、泰國各大學開展“2+1+1”聯合培養具備越南語、泰語基本交際能力的漢語國際教育專業本科生。1997年教育部批準，獲招收來華留學生資格，2014年成為中國政府獎學金接收外國留學生院校。2008年，獲批認定為“農業科技國際人才培養基地”，2018年，獲科技廳批準認定為“面向南亞東南亞農業科技人才交流與教育培訓基地”，2012年獲教育部和外交部批準，成立“中國-東盟教育培訓中心”。1982年開始聘請外籍教師和外國專家。2022年獲云南省科協批準成立“云南省科協海智工作基地”；2023年獲中國科協批準成立“中國科協海智工作基地”。1986年開始派出教師出國（境）進修、學習和交流。與云天化等知名企業合作開展“校企協同國際育人”等項目，推動社會服務的國際化。先后主持GEF、EU、ADB、IRRI等資助的20余項國際科技合作項目。Michael Augustine Fullen等3名外籍專家獲云南省外國專家“彩云獎”，學校被授予“全國聘請外國文教專家工作先進單位”和“云南省教育外事工作先進單位”等榮譽稱號或獎項。
學校大力弘揚社會主義核心價值觀，積極構建“三全育人”體系，抓實精神文明和校園文化建設，不斷激發全校師生向上向善的正能量，涌現出“時代楷模”、全國優秀共產黨員、全國師德先進個人、全國十大“三農”人物、全國民族團結先進個人、云南省興滇人才、云南省十大杰出青年、省部級勞模等100余人。涌現出中共十六大、十七大、十八大、二十大代表1人，全國人大常委會委員1人。培養出全國道德模范、見義勇為英雄大學生楊繼斌；全國大學生百名自強之星劉艷華、李順成、焦萱、簡安琪、王沙莎、郭佳麗、楊建陳、龍佳；“全國大學生年度人物”入圍獎龍佳；全國百名優秀大學生胡穎；全國優秀共青團員簡安琪；全國百強學生社團、云南省青年文明號“社工之家”；東京奧運會女子自由式摔跤62公斤級8強、全國冠軍龍佳；全國殘疾人運動會馬拉松比賽冠軍韓桂明；首屆全國城市電視臺業余主持人大賽最佳主持人劉亞萍；全國新絲路杯模特大賽云南賽區冠軍徐靖；全國農村青年致富帶頭人濮玉濤；云南省“五四”青年獎章獲得者喜超；“云南省大學生年度人物”高彥玉、簡安琪、李朝、龍佳；大學生村官張學鳳等優秀師生。大學生暑期“三下鄉”社會實踐活動先后20次受到團中央表彰，校男子籃球代表隊連續多年獲云南省高?；@球比賽冠軍，校女子足球隊獲云南省足球聯賽冠軍并入圍全國女足乙級聯賽。學校獲全國高校校園文化建設優秀成果獎，被評為全國精神文明建設工作先進單位、云南省德育先進單位、云南省文明校園、云南省文明單位稱號。
