部級重點實驗室：
醫學光電科學與技術教育部重點實驗室
濕潤亞熱帶生態——地理過程省部共建教育部重點實驗室
農業部甘蔗生理生態與遺傳改良重點開放實驗室
部級工程研究中心：
教育部工業微生物教育部工程研究中心
省級重點實驗室：
福建省亞熱帶資源與環境重點實驗室
福建省光子技術重點實驗室
福建省高分子材料重點實驗室
省級工程研究中心：
福建省現代發酵技術工程研究中心
省級行業開發基地：
福建省改性塑料技術開發基地
教育部人文社會科學重點研究基地：
福建師范大學閩臺區域研究中心
國經濟綜合競爭力研究中心福建師范大學分中心
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