長春工程學院的辦學歷史可追溯至新中國建立初期。早在1951年9月到1953年7月，為在短時期迅速恢復和建立國家基礎工業體系，經東北人民政府、中央人民政府燃料工業部籌劃和批準，分別成立了長春土木建筑高級職業學校、長春測量地質技術學校和長春水力發電工程學校。

上世紀80年代中期以前，三所學校均幾經易名，隸屬關系和辦學層次多次變更，主要歸屬原冶金工業部和水利電力部管理，為冶金建筑、冶金地質和水利水電行業培養一線專門技術人才。

1984年到1985年，經教育部批準，三所學校分別升格為長春建筑?？茖W校、長春冶金地質?？茖W校和東北水利水電專科學校。在此后十多年的辦學歷程中，三所學校在教育教學改革中為推動我國高等工程專科教育發展，積累和提供了許多寶貴經驗，有4項教學改革成果獲國家級教學成果二等獎，教務處曾兩次被教育部評選為“全國普通高校優秀教務處”；1997年，三校均被教育部遴選確定為全國示范性高等工程?？浦攸c建設學校，在當時全國高等專科教育改革和建設中發揮了帶頭和示范作用。

1996年開始，三所學校陸續招收并培養建筑工程等16個專業本科生。

2000年3月，教育部正式批準長春建筑高等專科學校、長春工業高等?？茖W校、長春水利電力高等專科學校合并組建長春工程學院。合校以來，學校辦學規模得到擴大，教育事業快速發展，辦學水平不斷提高，綜合實力明顯增強，建成了以建筑、地質、水利、電力、機械、電氣工程等工科專業為主，工學、管理學、文學和理學等學科門類交叉共存的人才培養結構和具有應用型教育特色的教學型大學,凝練形成了“以應用能力和工程素質為主線，努力培養面向基礎工業基層一線的應用型高級專門人才”的人才培養特色。學校曾多次被吉林省政府、長春市政府授予“模范單位”、“文明單位標兵”等稱號，學校黨委被長春市委授予先進黨委稱號。

2007年2月，經中國人民解放軍總政治部和教育部批準，學校成為具有國防生招生資格的百所大學之一。

2011年9月，學校已被教育部正式批準為第二批實施“卓越工程師教育培養計劃”高校。

2011年10月，學校被國務院學位委員會確定為“服務國家特殊需求人才培養項目”——學士學位授予單位開展培養碩士專業學位研究生試點單位。