省部共建：
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1、黑龍江省生物醫藥工程重點實驗室——省部共建國家重點實驗室培育基地（批準2003年主任：楊寶峰）?

2、省部共建教育部生物醫藥工程重點實驗（批準2007年主任：楊寶峰）?

3、省部共建教育部心肌缺血機理與診療技術重點實驗室（批準2008年主任：于波）?

黑龍江省科技廳：?

1、黑龍江省醫學分子生物學重點實驗室（批準1999年主任：傅松濱）?

2、黑龍江省腫瘤生物治療重點實驗室（批準1997年主任：龐達）?

3、黑龍江省肝脾外科重點實驗室（批準2005年主任：代文杰）?

4、黑龍江省營養與食品衛生學重點實驗室（批準2006年主任：孫長顥）?

5、黑龍江省感染與免疫重點實驗室（批準2007年主任：張鳳民）?

6、黑龍江省麻醉與危重病學重點實驗室（批準2007年主任：李文志）?

衛生部：?

1、衛生部病因流行病學重點實驗室（批準1985年主任：孫殿軍）?

2、衛生部細胞移植重點實驗室（批準2000年主任：周晉）?

黑龍江省普通高校：?

1、哈爾濱醫科大學醫學遺傳學重點實驗室（批準2002年主任：傅松濱）?

2、哈爾濱醫科大學營養與食品衛生學重點實驗室（批準2002年主任：孫長顥）?

3、哈爾濱醫科大學藥物研究重點實驗室（批準2002年主任：杜智敏）?

4、哈爾濱醫科大學神經外科重點實驗室（批準2002年主任：趙世光）?

5、哈爾濱醫科大學麻醉基礎理論與應用研究重點實驗室（批準2002年主任：李文志）?

6、哈爾濱醫科大學病因流行病學重點實驗室（批準2002年主任：孫殿軍）?

7、哈爾濱醫科大學醫學病原學（BSL-3）重點實驗室（批準2003年主任：張鳳民）?

8、哈爾濱醫科大學肝脾外科重點實驗室（批準2006年主任：代文杰）?

9、哈爾濱醫科大學移植免疫基礎與應用重點實驗室（批準2006年主任：于波 教育部待批）?

10、哈爾濱醫科大學神經生物重點實驗室（批準2006年主任：李呼倫）?

11、哈爾濱醫科大學藥物與內源性物質代謝實驗室（建設中2006年主任：朱大嶺）?

哈爾濱醫科大學重點實驗室：?

12、哈爾濱醫科大學血液與造血系統疾病重點實驗室（主任：周晉）?

13、哈爾濱醫科大學分子影像學重點實驗室（主任：申寶忠）?

14、哈爾濱醫科大學腫瘤生物學基礎重點實驗室（主任：張清媛）?

15、哈爾濱醫科大學藥物與內源性物質代謝實驗室（主任：朱大嶺）