學校前身西南區川南醫士學校始建于1951年，1959年升格為瀘州醫學?？茖W校，1978年升格為本科院校并更名為瀘州醫學院，1982年獲得學士學位授予權，1993年成為碩士學位授予單位，2001年開始聯合培養博士，2004年起開展留學本科生學歷教育，2010年獲準設立博士后科研工作站，2015年更名為西南醫科大學，2021年獲批博士學位授予單位。