學校前身為創辦于1934年的湖南國醫專科學校，1960年設立本科院校——湖南中醫學院，1965年省中醫藥研究所整體并入（1972年重新恢復獨立建制），1990年原湖南科技大學成建制并入湖南中醫學院，2002年與湖南省中醫藥研究院合并（2022年省中醫藥研究院恢復獨立建制），2006年經教育部批準更名為湖南中醫藥大學，2012年進入湖南省一本招生序列，2018年入選湖南省高等學校“國內一流建設高校”，2022年入選湖南省“雙一流”建設高校。2020年入選湖南省“三全育人”綜合改革試點校；2022年獲評全省高校黨建工作“示范高校”；2023年榮獲“湖南省五一勞動獎狀”。2023年，學校高質量完成教育部本科教育教學審核評估，實現辦學定位從應用型高校向學術型高校的跨越發展。