1896年英國基督教牧師勞海德在"衛輝府"(今河南省新鄉市所轄的衛輝市)開辦了基督教"博濟醫院"(后易名為"惠民醫院")。"博濟醫院"在行醫的同時也開辦有短期各科醫士培訓教育。1922年,加拿大傳教士吉內特·維特立夫又在此興辦了四年制惠民醫院護士學校,致力于培養現代醫學護理人才。

1949年6月隨著解放戰爭的推進,成立于1947年的冀魯豫行署衛生學校攜哈利生醫院從山東章丘遷至衛輝,哈利生醫院與原惠民醫院合并組建了平原省省立醫院。

1950年1月,平原省教育廳、衛生廳決定在衛生學校的基礎上成立平原省醫科學校,平原省醫院為醫科學校附屬醫院,首任校長是時任平原省衛生局局長的李奕,同年5月學校招收第一批學生。這就是新鄉醫學院的前身。

此后,學校幾經變遷,經歷華北第二醫士學校、汲縣醫士學校、汲縣衛生學校、新鄉專區醫學院、汲縣醫學專科學校、豫北醫學專科學校等發展階段。

1982年經國務院批準學校升格為本科,定名新鄉醫學院,同時在新鄉市建設新校區。

1991年學校實現了辦學主體由衛輝向新鄉的搬遷。

1996年通過原國家教委組織的本科教學工作合格評價。

1998年學校獲碩士學位授予權。

2006年接受教育部本科教學工作水平評估，評估結論為優秀。