學校是1925年由近代民主革命先驅何香凝先生等提議、為紀念廖仲愷先生愛護農工的意愿而決定創辦的仲愷農工學校。1925年8月，廖仲愷先生以身殉國，10月國民黨中央執行委員會通過何香凝先生等關于設立農工學校的提案，并成立籌備委員會。1927年3月，學校正式招生，初設蠶絲實習科和本科，何香凝先生親任校長。1980年，學校被確定為國家重點中等專業學校。1984年，經教育部、農牧漁業部批準，學校升格為本科院校，定名“仲愷農業技術學院”，國家副主席王震同志題寫校名。2006年獲得碩士學位授予權。2008年3月，經教育部批準，更名“仲愷農業工程學院”。2021年獲批博士學位授予立項建設單位。

為爭取社會各界支持辦學，促進學校發展，1987年4月，根據國家副主席王震提議，經中共廣東省委同意，成立了學校董事會，王震任名譽董事長，廣東省省長葉選平任第一屆董事會董事長。1997年，時任廣東省省長盧瑞華任第二屆董事會董事長。2008年，時任廣東省省長黃華華任第三屆董事會董事長。2015年5月，時任廣東省省長朱小丹任第四屆董事會董事長。2018年5月,時任廣東省省長馬興瑞任第五屆董事會董事長。董事會成員包含有國家領導人、省部級領導以及港澳知名人士。