山西中醫藥大學的前身為1978年創辦的山西醫學院中醫大學班，1989年經原國家教委批準成立山西中醫學院，2017年5月經教育部批準更名為山西中醫藥大學。2001年開始招收碩士研究生，是山西省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校、教育部首批卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點高校、推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀研究生高校、中醫學專業“5+3”一體化招生院校、中國政府獎學金生委托培養高校、山西省深化創新創業教育改革示范高校。