南京醫科大學是首批教育部、國家衛生健康委與省政府共建醫學院校和江蘇高水平大學建設高校。學校創建于1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫科大學。