大連醫科大學創建于1947年5月4日，時稱關東醫學院，是中國共產黨為適應人民解放戰爭和新中國建設對醫學人才的急需在解放區創辦的第一所正規醫科高校。1949年，關東醫學院與大連工學院等一起并入新成立的大連大學，成為大連大學醫學院。1950年大連大學撤銷后獨立為大連醫學院，從此正式成為五年制醫科高校。50年代學校云集了一批老一輩醫學科學家和醫學教育家，如中科院院士（當時稱學部委員）沈其震、魏曦、吳汝康，藥理學家張毅、生理學家吳襄等，大連醫學院以雄厚的師資力量，嚴謹的教風學風和高質量的畢業生享譽全國，為國家輸送了大批優秀的醫學人才。1969年，學校奉命南遷貴州省遵義市成立遵義醫學院。

1978年，在中央領導同志的關懷下和省市領導的積極支持下，大連醫學院終于在原址得以復辦。大醫人繼承和發揚了“團結、嚴謹、求實、創新”的優良校風，面對困難，不畏險阻，從頭做起，以極大的熱情投身于學校的復建，學校得到了迅速的發展。從80年代中期開始，大連醫學院已成為一所多學科、多層次、提高型的高等醫科學校，被確定為遼寧省省屬重點高校之一。隨著國家改革開放步伐的不斷加快，特別是鄧小平南巡講話以來，學校的各項工作又取得了長足發展。1994年1月，經國家教委批準，學校正式更名為大連醫科大學?，F已發展成為以醫學為主，理學、工學、管理學、藝術學、法學和哲學等多學科發展的醫科大學。

2007年8月，學校搬遷至旅順新校園。新校園位于遼寧省大連市旅順南路西段9號，占地面積151萬平方米，建筑面積53.2萬平方米。學校固定資產總值71.47億元，設備總值30.98億元。實體館藏114.66萬冊，電子館藏187.25萬冊，包括檢索類、期刊全文類、電子圖書、多媒體資源、學習考試類資源等數據庫63種?，F有二級單位50個，其中，教學、科研單位23個、管理部門20個、教輔部門6個，獨立學院1個?，F有附屬醫院15所，其中，直屬附屬醫院3所，非直屬附屬醫院12所。