學校創建于1956年，由上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院）分遷來渝組建，原名重慶醫學院，1985年更名為重慶醫科大學。學校是國務院學位委員會批準的首批具有博士和碩士學位授予權的單位，是教育部批準的首批來華留學示范基地。學校2015年成為重慶市人民政府、國家衛生健康委員會（原國家衛生計生委）和教育部共建高校，2016年成為“高等學校學科創新引智計劃”（“111計劃”）首批立項的地方高校之一。